Dependiendo de su ubicación, las rutas de peregrinación son propiedad de particulares, gobiernos locales o nacionales que se encargan de su mantenimiento. En la restauración, conservación y mantenimiento de algunas de las rutas de peregrinaje participan habitantes locales y organizaciones sin fines de lucro. Por ejemplo, muchas sociedades de preservación están activas en la ruta de peregrinaje de Iseji, donde realizan actividades diarias de limpieza en los pasos de montaña donde quedan caminos antiguos. También colaboran con las patrullas después de los tifones y las fuertes lluvias. Estas actividades se registran en un informe y se presentan a la respectiva Junta de Educación de la Prefectura a través de la respectiva Junta Municipal de Educación.

La mayoría de las áreas boscosas de las montañas Kii se han plantado porque esta área ha sido tradicionalmente un lugar para la tala. Los árboles se talan cada 50 a 100 años y, después de la tala, la gente planta árboles pequeños. Esta estrategia de tala tradicional se realiza desde el siglo XVI bajo una técnica tradicional como la recolección de semillas, la siembra, la densidad de siembra, el aclareo y la tala, especialmente en el condado de Yoshino, prefectura de Nara, donde los cerezos son característicos. La prefectura de Nara también ha introducido un impuesto para la conservación del medio ambiente forestal y está trabajando con voluntarios y organizaciones privadas a través de sus municipios para talar bosques abandonados. Los bosques abandonados se han replantado con árboles latifoliados en lugar de coníferos como el cedro y el ciprés, aptos para la silvicultura, y los bosques mixtos de coníferos y latifoliados se están convirtiendo en bosques libres de intervención humana. Paralelamente a la plantación y cosecha de árboles tradicionales, se trata de mantener los bosques y el paisaje forestal de las montañas Kii de una manera sostenible.

Duranto todo el proceso a través del cual lugares sagrados en las montañas Kii fueron designados como patrimonio cultural y patrimonio natural (como parte de un parque nacional), y luego incluidos en la Reserva de la Biosfera, para finalmente formar parte del bien de Patrimonio Mundial, se concedió a los cuerpos religiosos oficialmente su protección y gestión siguiendo los conocimientos tradicionales transmitidos durante siglos, basados ​​en creencias religiosas y valores sagrados. Por ejemplo, debido a su carácter sagrado, los bosques primitivos se han conservado bajo estrictas prohibiciones de tala por parte de las diferentes comunidades religiosas. Los paisajes montañosos son interpretados como "mandalas" materializados por los budistas Shingon, y los practicantes de Shugendo reproducen los "mandalas" haciendo peregrinaciones y realizando sus prácticas ascéticas en estos entornos naturales. Para los peregrinos, las montañas Kii representan el paraíso en la tierra. Otro ejemplo es el bosque sagrado de Nachi que ha sido designado como “monumento natural” por la Ley de Protección de los Bienes Culturales, y el manejo lo ha hecho el santuario sintoísta Kumano Nachi, como parte de su lugar sagrado. La cascada de Nachi se considera sagrada. Esto significa que las aguas sagradas no se pueden tocar ni desviar.

Además de contener el patrimonio cultural designado en virtud de la Ley para la Protección de los Bienes Culturales ejecutada por la Agencia de Asuntos Culturales, el bien contiene áreas que conforman el Parque Nacional Yoshino-Kumano cuya administración está a cargo del Ministerio de Medio Ambiente y las 3 prefecturas relacionadas: Wakayama, Nara y Mie, y sus autoridades locales. El Consejo de las Tres Prefecturas para los Sitios Sagrados del Patrimonio Mundial y las Rutas de Peregrinación en las Montañas Kii, se estableció para la nominación a la Lista del Patrimonio Mundial, y después de la inscripción, está a cargo de coordinar las acciones de conservación y desarrollar el plan de gestión. Los gobernadores de las 3 prefecturas actúan como presidentes y vicepresidentes, mientras que los alcaldes y jefes de educación de los municipios actúan como miembros del consejo. La Agencia de Asuntos Culturales participa como observadora. La protección de los bienes culturales se lleva a cabo en cooperación con el departamento de protección de los bienes culturales y desarrollo regional de cada prefectura y el responsable del municipio. Además, el Consejo cuenta con el asesoramiento de un comité científico formado por expertos de varios campos.