La philosophie de base d'APJM a toujours été que chaque projet doit générer des impacts et être maintenu au-delà de la durée de vie du projet ou de son financement, ce qui est un gage de durabilité.

Par conséquent, alors que les ONG peuvent tomber dans le piège de concevoir des projets basés sur les besoins des donateurs, les projets de l'APJM sont conçus pour répondre directement aux lacunes identifiées localement. Les besoins ont été identifiés pour la première fois en 2009 lors d'une enquête socio-économique décrivant le profil socio-économique des communautés locales, ou lors d'une recherche scientifique effectuée par des experts, et ont ensuite été mis à jour par le personnel d'APJM ou des experts.

Les activités sont ensuite planifiées pour répondre à la mission et à la vision de l'APJM, et s'inscrivent dans le plan de gestion et la stratégie de l'APJM. La structure de gestion du projet est conçue pour s'intégrer dans l'organigramme d'APJM. Comme les activités ciblent souvent les parties prenantes locales ou sont mises en œuvre en partenariat avec elles, elles s'appuient également sur les compétences et le savoir-faire locaux existants et visent à les exploiter.

La plupart des activités du projet sont donc maintenues au-delà du financement du projet, tant au niveau financier qu'opérationnel, et les projets se transforment en programmes ou en sous-activités de programmes.