Agar dapat menafsirkan dan merespons secara efektif terhadap variabilitas dan perubahan ekosistem, flora dan fauna liar juga digunakan sebagai indikator. Para petani mengamati perkembangan tanaman liar dan perkembangan serta perilaku hewan liar, dan menggunakan informasi ini untuk merencanakan dan menyesuaikan pengelolaan lahan. Sebagai contoh di Roslagen, Swedia, ukuran daun pohon birch dapat memberikan indikasi kapan harus menabur. Keberadaan spesies tanaman tertentu memberikan indikasi kualitas tanah.
Berada di lingkungan di mana habitat alami hidup berdampingan dengan agro-ekosistem dan dilindungi memungkinkan penggunaan indikator alami.
Dalam kondisi yang bervariasi, waktu penanaman dan pemanenan sangat penting. Indikator alami menangkap berbagai informasi yang penting untuk keberhasilan panen atau setidaknya mengurangi kegagalan.