Afin de pouvoir interpréter la variabilité et les changements de l'écosystème et d'y répondre efficacement, la flore et la faune sauvages ont également été utilisées comme indicateurs. Les agriculteurs ont observé le développement des plantes sauvages ainsi que le développement et le comportement des animaux sauvages et ont utilisé ces informations pour planifier et adapter la gestion des terres. Par exemple, à Roslagen, en Suède, la taille des feuilles de bouleau peut donner une indication sur le moment où il faut semer. La présence de certaines espèces végétales donne une indication sur la qualité du sol.
Le fait de se trouver dans un environnement où l'habitat naturel coexiste avec l'agroécosystème et est protégé permet d'utiliser des indicateurs naturels.
Dans des conditions variables, le moment de la plantation et de la récolte est crucial. Les indicateurs naturels capturent de multiples informations qui sont importantes pour la réussite des cultures ou, au moins, pour réduire les échecs.