Para poder interpretar y responder eficazmente a la variabilidad y el cambio de los ecosistemas, también se utilizaron como indicadores la flora y la fauna silvestres. Los agricultores observaban el desarrollo de las plantas silvestres y el desarrollo y comportamiento de los animales salvajes, y utilizaban esta información para planificar y ajustar la gestión de la tierra. Por ejemplo, en Roslagen (Suecia), el tamaño de las hojas de abedul puede dar una indicación de cuándo sembrar. La presencia de determinadas especies vegetales da una indicación sobre la calidad del suelo.
Estar en un entorno en el que el hábitat natural coexiste con el agroecosistema y está protegido permite utilizar indicadores naturales.
En condiciones variables, el momento de la siembra y la cosecha es fundamental. Los indicadores naturales recogen información múltiple que es importante para el éxito del cultivo o, al menos, para reducir el fracaso.