Om de variabiliteit en verandering van het ecosysteem te kunnen interpreteren en er effectief op te kunnen reageren, werden ook wilde flora en fauna als indicatoren gebruikt. Boeren observeerden de ontwikkeling van wilde planten en de ontwikkeling en het gedrag van wilde dieren en gebruikten deze informatie om het landbeheer te plannen en aan te passen. In Roslagen, Zweden, bijvoorbeeld, kan de grootte van berkenbladeren een indicatie geven van wanneer er gezaaid moet worden. De aanwezigheid van bepaalde plantensoorten geeft een indicatie van de bodemkwaliteit.
In een omgeving waar de natuurlijke habitat naast het agro-ecosysteem bestaat en beschermd is, kunnen natuurlijke indicatoren gebruikt worden.
In wisselende omstandigheden is de timing van planten en oogsten cruciaal. Natuurlijke indicatoren leggen meerdere gegevens vast die belangrijk zijn voor het welslagen van gewassen of op zijn minst het beperken van mislukkingen.