Para poder interpretar e responder efetivamente à variabilidade e às mudanças do ecossistema, a flora e a fauna selvagens também foram usadas como indicadores. Os agricultores observaram o desenvolvimento de plantas silvestres e o desenvolvimento e o comportamento de animais silvestres, e usaram essas informações para planejar e ajustar o gerenciamento da terra. Por exemplo, em Roslagen, na Suécia, o tamanho das folhas de bétula pode dar uma indicação de quando semear. A presença de determinadas espécies de plantas dá uma indicação da qualidade do solo.
Estar em um ambiente onde o habitat natural coexiste com o agroecossistema e é protegido permite o uso de indicadores naturais.
Em condições variáveis, o momento do plantio e da colheita é fundamental. Os indicadores naturais capturam várias informações que são importantes para o sucesso da colheita ou, pelo menos, para reduzir o fracasso.