Um die Variabilität und den Wandel des Ökosystems interpretieren und wirksam darauf reagieren zu können, wurden auch wild lebende Pflanzen und Tiere als Indikatoren herangezogen. Die Landwirte beobachteten die Entwicklung von Wildpflanzen sowie die Entwicklung und das Verhalten von Wildtieren und nutzten diese Informationen zur Planung und Anpassung der Landbewirtschaftung. Im schwedischen Roslagen beispielsweise kann die Größe der Birkenblätter Aufschluss darüber geben, wann gesät werden muss. Das Vorkommen bestimmter Pflanzenarten gibt Aufschluss über die Bodenqualität.
In einer Umgebung, in der natürliche Lebensräume mit dem Agrarökosystem koexistieren und geschützt sind, können natürliche Indikatoren verwendet werden.
Unter variablen Bedingungen ist der Zeitpunkt der Aussaat und der Ernte entscheidend. Natürliche Indikatoren erfassen eine Vielzahl von Informationen, die für den Ernteerfolg oder zumindest die Verringerung von Misserfolgen wichtig sind.