Per poter interpretare e rispondere efficacemente alla variabilità e ai cambiamenti dell'ecosistema, sono stati utilizzati come indicatori anche la flora e la fauna selvatiche. Gli agricoltori hanno osservato lo sviluppo delle piante selvatiche e lo sviluppo e il comportamento degli animali selvatici e hanno utilizzato queste informazioni per pianificare e regolare la gestione del territorio. Ad esempio, a Roslagen, in Svezia, la dimensione delle foglie di betulla può dare un'indicazione su quando seminare. La presenza di alcune specie vegetali fornisce un'indicazione sulla qualità del suolo.
Trovarsi in un ambiente in cui l'habitat naturale coesiste con l'agroecosistema ed è protetto consente di utilizzare gli indicatori naturali.
In condizioni variabili, il momento della semina e del raccolto è fondamentale. Gli indicatori naturali catturano molteplici informazioni importanti per il successo delle colture o almeno per ridurne l'insuccesso.