Для того чтобы иметь возможность интерпретировать и эффективно реагировать на изменчивость и изменения экосистемы, дикая флора и фауна также использовались в качестве индикаторов. Фермеры наблюдали за развитием диких растений, а также за развитием и поведением диких животных и использовали эту информацию для планирования и корректировки землепользования. Например, в Рослагене (Швеция) по размеру листьев березы можно определить время посева. Наличие определенных видов растений позволяет судить о качестве почвы.
Нахождение в среде, где естественная среда обитания сосуществует с агроэкосистемой и охраняется, позволяет использовать естественные индикаторы.
В переменчивых условиях сроки посадки и сбора урожая имеют решающее значение. Естественные индикаторы фиксируют множество информации, которая важна для успешного выращивания урожая или, по крайней мере, для уменьшения неудач.