Yang bertanggung jawab atas pelaksanaan PNAPO adalah Kamar Agroekologi dan Produksi Organik Antar Kementerian (CIAPO) dan Komisi Nasional Agroekologi dan Produksi Organik (CNAPO):

CIAPO adalah badan pemerintah yang terdiri dari sembilan Kementerian dan enam Lembaga Negara Independen yang diundang. Badan ini dikoordinasikan oleh Sekretariat Khusus untuk Pertanian Keluarga dan Pembangunan Agraria (SEAD), yang juga memberikan dukungan teknis dan administratif. Tugas CIAPO adalah: membangun dan melaksanakan Rencana Nasional untuk Agroekologi dan Produksi Organik (PLANAPO), mengkoordinasikan Badan dan Entitas Pemerintah yang berkomitmen terhadap implementasi PNAPO, mempromosikan hubungan antara dan dengan Badan-badan Negara Bagian, Kabupaten dan Kota, serta melaporkan kepada CNAPO tentang pemantauan PLANAPO.

Di sisi lain, CNAPO mewakili penghubung antara pemerintah dan masyarakat sipil. CNAPO terdiri dari empat belas perwakilan dari administrasi publik dan empat belas perwakilan dari organisasi masyarakat sipil, masing-masing dengan satu perwakilan alternatif yang ditunjuk. Badan ini dikoordinasikan oleh Sekretariat Pemerintahan Kepresidenan Republik (Segov), melalui Kantor Nasional Artikulasi Sosial (SNAS), yang juga memberikan dukungan teknis dan administratif.