PNAPO'nun uygulanmasından Bakanlıklar Arası Agroekoloji ve Organik Üretim Odası (CIAPO) ve Ulusal Agroekoloji ve Organik Üretim Komisyonu (CNAPO) sorumludur:
CIAPO, dokuz Bakanlık ve altı davetli Bağımsız Devlet Kurumundan oluşan bir hükümet organıdır. Teknik ve idari destek de sağlayan Aile Çiftçiliği ve Tarımsal Kalkınma Özel Sekreterliği (SEAD) tarafından koordine edilmektedir. CIAPO'nun görevleri şunlardır: Agroekoloji ve Organik Üretim Ulusal Planını (PLANAPO) oluşturmak ve yürütmek, PNAPO'nun uygulanmasına kendini adamış Devlet Kurum ve Kuruluşlarını koordine etmek, Eyalet, Bölge ve Belediye Kurumları arasında ve bunlarla irtibatı teşvik etmek ve PLANAPO'nun izlenmesi konusunda CNAPO'ya rapor vermek.
CNAPO ise hükümet-sivil toplum irtibatını temsil etmektedir. Kamu idaresinden on dört temsilci ve sivil toplum kuruluşlarından on dört temsilciden oluşur ve her birinin belirlenmiş bir yedek temsilcisi vardır. Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sekreterliği (Segov) tarafından, teknik ve idari destek de sağlayan Ulusal Sosyal Eklemlenme Ofisi (SNAS) aracılığıyla koordine edilmektedir.
PNAPO'nun genel amacı agroekolojik geçişin desteklenmesine yönelik politikaları, programları ve eylemleri entegre etmek ve birleştirmek olduğundan, Bakanlıklararası Agroekoloji ve Organik Üretim Odası (CIAPO) ve Ulusal Agroekoloji ve Organik Üretim Komisyonu (CNAPO) tarafından yönetilmesi önemli bir başarı faktörüdür. Komisyonun yüzde 50'si sivil toplum temsilcilerinden oluşmaktadır.
Şu anda Brezilya oldukça karmaşık bir siyasi ve ekonomik durumla karşı karşıya. PNAPO'nun ikinci dönemi olan PLANAPO 2016-2019 halen devam etmektedir, ancak ülkedeki siyasi çalkantılar ve ciddi ekonomik kriz (2014-2016) nedeniyle, uygulanmasını engelleyen ciddi bütçe kesintileriyle karşı karşıyadır. Bununla birlikte, çok şey başarıldı ve PNAPO'nun organları çalışmaya devam etti ve bazı fonlar sağladı.
Yukarıda bahsedilen sorunların yanı sıra, mevcut Başkan Bolsonaro ve yönetimi çevre/gıda sektörüne ilişkin tartışmalı kararlar almakta ve son derece zehirli bazı pestisitleri onaylamaktadır. Bu kararlar PNAPO'nun hedefleri ile uyumlu değildir.