Os responsáveis pela implementação da PNAPO são a Câmara Interministerial de Agroecologia e Produção Orgânica (CIAPO) e a Comissão Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (CNAPO):
A CIAPO é o órgão governamental composto por nove ministérios e seis agências estatais independentes convidadas. É coordenada pela Secretaria Especial de Agricultura Familiar e Desenvolvimento Agrário (SEAD), que também fornece apoio técnico e administrativo. As atribuições do CIAPO são: construir e executar o Plano Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (PLANAPO), coordenar os Órgãos e Entidades Governamentais comprometidos com a implementação do PNAPO, promover a articulação entre e com os Órgãos Estaduais, Distritais e Municipais e prestar contas ao CNAPO sobre o monitoramento do PLANAPO.
O CNAPO, por outro lado, representa o elo entre o governo e a sociedade civil. Ele é composto por quatorze representantes da administração pública e quatorze representantes de organizações da sociedade civil, cada um com um representante suplente designado. É coordenado pela Secretaria de Governo da Presidência da República (Segov), por meio da Secretaria Nacional de Articulação Social (SNAS), que também fornece apoio técnico e administrativo.
Como o objetivo geral da PNAPO é integrar e articular políticas, programas e ações para a promoção da transição agroecológica, o fato de ser governada pela Câmara Interministerial de Agroecologia e Produção Orgânica (CIAPO) e pela Comissão Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica (CNAPO) é um fator-chave de sucesso. Nesta última, 50% são representantes da sociedade civil.
Atualmente, o Brasil enfrenta uma situação política e econômica bastante complexa. O segundo ciclo da PNAPO, PLANAPO 2016-2019, ainda está em andamento, mas, devido à turbulência política no país e a uma grave crise econômica (2014-2016), enfrenta cortes drásticos no orçamento que dificultam sua implementação. No entanto, muito foi alcançado e os órgãos da PNAPO continuaram trabalhando e garantiram algum financiamento.
Além dos problemas mencionados acima, o atual presidente Bolsonaro e seu governo têm tomado decisões controversas em relação ao meio ambiente/setor de alimentos e aprovado vários pesticidas altamente tóxicos. Decisões que não estão de acordo com os objetivos da PNAPO.