Los responsables de la aplicación del PNAPO son la Cámara Interministerial de Agroecología y Producción Orgánica (CIAPO) y la Comisión Nacional de Agroecología y Producción Orgánica (CNAPO):
La CIAPO es el órgano gubernamental integrado por nueve Ministerios y seis Organismos Autónomos del Estado invitados. Está coordinado por la Secretaría Especial de Agricultura Familiar y Desarrollo Agrario (SEAD), que también proporciona apoyo técnico y administrativo. Las atribuciones del CIAPO son: construir y ejecutar el Plan Nacional de Agroecología y Producción Orgánica (PLANAPO), coordinar los Órganos y Entidades Gubernamentales comprometidos con la implementación del PNAPO, promover la articulación entre y con los Órganos Estatales, Distritales y Municipales e informar al CNAPO sobre el seguimiento del PLANAPO.
El CNAPO, por su parte, representa el enlace gobierno-sociedad civil. Está compuesto por catorce representantes de la administración pública y catorce representantes de organizaciones de la sociedad civil, cada uno con un representante suplente designado. Es coordinado por la Secretaría de Gobierno de la Presidencia de la República (Segov), a través de la Oficina Nacional de Articulación Social (SNAS), que también presta apoyo técnico y administrativo.
Dado que el objetivo general del PNAPO es integrar y articular políticas, programas y acciones para la promoción de la transición agroecológica, es un factor clave de éxito que esté regido por la Cámara Interministerial de Agroecología y Producción Orgánica (CIAPO) y la Comisión Nacional de Agroecología y Producción Orgánica (CNAPO). En esta última, el 50% son representantes de la sociedad civil.
Actualmente Brasil se enfrenta a una situación política y económica bastante intrincada. El segundo ciclo de PNAPO, PLANAPO 2016-2019, sigue en marcha, pero debido a la agitación política del país y a una grave crisis económica (2014-2016), se enfrenta a drásticos recortes presupuestarios que dificultan su ejecución. No obstante, se han conseguido muchos logros y los órganos del PNAPO han seguido trabajando y han obtenido cierta financiación.
Además de los problemas mencionados, el actual presidente Bolsonaro y su administración han tomado decisiones controvertidas en relación con el medio ambiente y el sector alimentario, y han aprobado varios plaguicidas altamente tóxicos. Decisiones que no están en línea con los objetivos del PNAPO.