За реализацию PNAPO отвечают Межведомственная палата по агроэкологии и органическому производству (CIAPO) и Национальная комиссия по агроэкологии и органическому производству (CNAPO):
CIAPO - это правительственный орган, состоящий из девяти министерств и шести приглашенных независимых государственных агентств. Ее координирует Специальный секретариат по семейным фермам и аграрному развитию (SEAD), который также оказывает техническую и административную поддержку. В обязанности CIAPO входит разработка и реализация Национального плана по агроэкологии и органическому производству (ПЛАНАПО), координация деятельности государственных органов и учреждений, участвующих в реализации ПЛАНАПО, содействие взаимодействию между государственными, районными и муниципальными органами, а также предоставление CNAPO отчетов о мониторинге ПЛАНАПО.
С другой стороны, CNAPO представляет собой связующее звено между правительством и гражданским обществом. В его состав входят четырнадцать представителей органов государственной власти и четырнадцать представителей организаций гражданского общества, каждый из которых имеет назначенного заместителя представителя. Его деятельность координирует Секретариат правительства при Президенте Республики (Сегов) через Национальное управление по социальному согласованию (SNAS), которое также оказывает техническую и административную поддержку.
Поскольку общая цель PNAPO заключается в интеграции и согласовании политики, программ и действий по продвижению агроэкологического перехода, ключевым фактором успеха является то, что она управляется Межведомственной палатой по агроэкологии и органическому производству (CIAPO) и Национальной комиссией по агроэкологии и органическому производству (CNAPO). В последней 50 % составляют представители гражданского общества.
В настоящее время Бразилия находится в довольно сложной политической и экономической ситуации. Второй цикл PNAPO, PLANAPO 2016-2019, все еще продолжается, но из-за политических потрясений в стране и тяжелого экономического кризиса (2014-2016) он сталкивается с резким сокращением бюджета, что мешает его реализации. Тем не менее, многое было достигнуто, и органы PNAPO продолжили работу и добились определенного финансирования.
Помимо вышеупомянутых проблем, нынешний президент Болсонару и его администрация принимают противоречивые решения, касающиеся окружающей среды и продовольственного сектора, и утверждают ряд высокотоксичных пестицидов. Решения, которые не соответствуют целям PNAPO.