PNAPO의 실행을 담당하는 기관은 농업 및 유기농 생산 부처 간 회의소(CIAPO)와 국가 농업 및 유기농 생산 위원회(CNAPO)입니다:
CIAPO는 9개 부처와 6개의 초청 독립 국가 기관으로 구성된 정부 기관입니다. 가족 농업 및 농촌 개발 특별 사무국(SEAD)에서 조정하며, 기술 및 행정 지원도 제공합니다. CNAPO의 역할은 국가 농업 및 유기농 생산 계획(PLANAPO)의 수립 및 실행, CNAPO의 이행에 전념하는 정부 기관 및 단체의 조정, 주, 지방 및 시 기관 간의 연락 촉진, PLANAPO의 모니터링에 대한 CNAPO에 보고 등입니다.
반면에 CNAPO는 정부-시민사회 연락을 담당합니다. 공공 행정부 대표 14명과 시민사회 단체 대표 14명으로 구성되며, 각 대표들은 대체 대표를 한 명씩 지정할 수 있습니다. 이 위원회는 기술 및 행정 지원을 제공하는 국가사회조정실(SNAS)을 통해 공화국 대통령 비서실(Segov)의 조정을 받습니다.
PNAPO의 전반적인 목표는 농업 생태 전환 촉진을 위한 정책, 프로그램 및 행동을 통합하고 명확히 하는 것이므로, 농업 생태 및 유기농 생산 부처 간 회의소(CIAPO)와 국가 농업 생태 및 유기농 생산 위원회(CNAPO)가 이를 관리하는 것이 핵심 성공 요인입니다. 후자의 경우 50%가 시민사회 대표로 구성되어 있습니다.
현재 브라질은 다소 복잡한 정치적, 경제적 상황에 직면해 있습니다. PNAPO의 두 번째 주기인 2016-2019년 계획은 아직 진행 중이지만, 브라질의 정치적 혼란과 심각한 경제 위기(2014-2016년)로 인해 급격한 예산 삭감으로 인해 계획 이행에 차질을 빚고 있습니다. 그럼에도 불구하고 많은 성과가 있었으며 PNAPO의 기관들은 계속 활동하여 일부 자금을 확보했습니다.
앞서 언급한 문제 외에도 현 보우소나루 대통령과 그의 행정부는 환경/식품 부문과 관련하여 논란의 여지가 있는 결정을 내리고 있으며, 독성이 강한 살충제를 승인하는 등 여러 가지 결정을 내리고 있습니다. PNAPO의 목표에 부합하지 않는 결정들입니다.