Verantwoordelijk voor de uitvoering van PNAPO zijn de Interministeriële Kamer voor Agroecologie en Biologische Productie (CIAPO) en de Nationale Commissie voor Agroecologie en Biologische Productie (CNAPO):

De CIAPO is het overheidsorgaan dat bestaat uit negen ministeries en zes uitgenodigde onafhankelijke staatsagentschappen. Het wordt gecoördineerd door het Special Secretariat for Family Farming and Agrarian Development (SEAD), dat ook technische en administratieve ondersteuning biedt. CIAPO heeft de volgende taken: het opstellen en uitvoeren van het Nationaal Plan voor AgroEcologie en Biologische Productie (PLANAPO), het coördineren van de overheidsorganen en -entiteiten die zich inzetten voor de uitvoering van PNAPO, het bevorderen van contacten tussen en met staats-, districts- en gemeentelijke organen en het rapporteren aan het CNAPO over het toezicht op PLANAPO.

Het CNAPO vormt de verbinding tussen de regering en de burgermaatschappij. Het bestaat uit veertien vertegenwoordigers van de overheid en veertien vertegenwoordigers van maatschappelijke organisaties, elk met een aangewezen plaatsvervanger. Het wordt gecoördineerd door het secretariaat van de regering van het presidentschap van de Republiek (Segov), via het Nationaal Bureau voor Sociale Articulatie (SNAS), dat ook technische en administratieve ondersteuning biedt.