Pada Tahap 3, data dari masukan panel ahli dianalisis dan kesenjangan diidentifikasi. Sebuah metodologi dirancang khusus untuk suaka margasatwa berdasarkan analisis ini. Metodologi ini disesuaikan untuk setiap pengaturan KKL tertentu, berdasarkan data yang dikumpulkan melalui Fase 1 dan 2, serta umpan balik dari manajer dan pemangku kepentingan untuk menilai kepercayaan yang terkait dengan teknik pengambilan sampel tertentu.
Serupa dengan Fase 1, beban terbesar dalam Fase 3 adalah pada peneliti. Metodologi yang tepat memungkinkan peneliti untuk mengidentifikasi batasan dengan menggunakan data yang ada dan mengilustrasikan kesenjangan yang menghalangi manajer untuk sepenuhnya memahami penggunaan pengunjung. Kombinasi penilaian ahli dan umpan balik memungkinkan peneliti untuk menentukan kegunaan teknik pengambilan sampel tertentu. Pemodelan sumber data yang ada dalam kerangka kerja yang memberikan kepercayaan pada setiap sumber membantu menciptakan titik awal untuk jumlah kunjungan yang dapat dibangun di iterasi selanjutnya.
Pada Tahap 3, para peneliti mengumpulkan data yang dibagikan oleh semua pemangku kepentingan. Untuk Gray's Reef, data disintesis dan dievaluasi untuk memahami korelasi dalam kepercayaan terhadap data oleh para pemangku kepentingan. Dengan menggunakan skala kepercayaan 10 poin, persepsi pemangku kepentingan tentang kepercayaan mereka terhadap data ditabulasikan. Studi panel mengungkapkan bahwa data tentang jumlah pengunjung dikumpulkan oleh berbagai lembaga (yaitu, NOAA, Penjaga Pantai AS, GADNR) dan sumber-sumber termasuk satelit, radar kapal, pelampung pintar, patroli di tempat, dan hidrofon bawah air. Luasnya data ini hanya dapat direalisasikan dengan mengikuti proses NMS-COUNT, karena data muncul selama fase kedua dan ketiga dari proses tersebut. Proses NMS-COUNT membantu semua pihak yang terlibat dalam mengelola kunjungan untuk berkolaborasi dan memahami jenis data yang dikumpulkan di berbagai lembaga. Proses ini juga memfasilitasi integrasi berbagai sumber data untuk memberikan pemahaman yang lebih komprehensif tentang kunjungan ke Suaka Margasatwa.