フェーズ3では、専門家パネルからのデータを分析し、ギャップを特定する。この分析に基づき、聖域に特化した手法が設計される。この方法論は、フェーズ1と2を通じて収集されたデータ、および特定のサンプリング手法に関連する信頼性を評価するための管理者と利害関係者からのフィードバックに基づいて、特定のMPA設定ごとにカスタマイズされる。
フェーズ1と同様、フェーズ3でも最も負担が大きいのは研究者である。適切な方法論によって、研究者は既存のデータによる限界を特定し、管理者がビジターの利用を十分に理解する妨げとなっているギャップを明らかにすることができる。専門家の判断とフィードバックを組み合わせることで、研究者は特定のサンプリング手法の有用性を判断することができる。各データソースに信頼性を持たせるような枠組みで、既存のデータソースをモデル化することで、訪問者数の出発点を作ることができる。
第3段階では、さまざまな利害関係者が共有したデータをまとめた。グレイズリーフについては、関係者によるデータの信頼度の相関関係を理解するために、データを統合し評価した。パネル調査の結果、来訪者数のデータは、複数の機関（NOAA、米国沿岸警備隊、GADNRなど）、衛星、ボートレーダー、スマートブイ、現場パトロール、水中聴音器などの情報源によって収集されていることが明らかになった。このような幅広いデータは、NMS-COUNTのプロセスに従って、プロセスの第2段階と第3段階にデータが出現したことによって初めて実現したものである。NMS-COUNTプロセスは、訪問管理に関わるすべての関係者が協力し、複数の機関にまたがって収集されているデータの種類を理解するのに役立った。また、このプロセスは、サンクチュアリへの訪問をより包括的に理解するために、複数のデータソースの統合を促進した。