In Phase 3 werden die Daten aus den Beiträgen der Expertengruppe analysiert und Lücken ermittelt. Auf der Grundlage dieser Analyse wird eine für das Schutzgebiet spezifische Methodik entwickelt. Diese Methodik wird auf der Grundlage der in den Phasen 1 und 2 gesammelten Daten sowie des Feedbacks von Managern und Interessenvertretern an die jeweilige MPA-Umgebung angepasst, um das Vertrauen in bestimmte Probenahmeverfahren zu bewerten.
Ähnlich wie in Phase 1 liegt die größte Last in Phase 3 auf dem Forscher. Eine geeignete Methodik ermöglicht es den Forschern, anhand vorhandener Daten Grenzen aufzuzeigen und Lücken zu verdeutlichen, die Manager daran hindern, die Nutzung durch Besucher vollständig zu verstehen. Eine Kombination aus Expertenurteil und Feedback ermöglicht es den Forschern, den Nutzen bestimmter Stichprobenverfahren zu bestimmen. Die Modellierung vorhandener Datenquellen innerhalb eines Rahmens, der jeder Quelle Vertrauen zuweist, hilft dabei, einen Ausgangspunkt für Besucherzahlen zu schaffen, auf dem in späteren Iterationen aufgebaut werden kann.
In Phase 3 trugen die Forscher die von den verschiedenen Interessengruppen übermittelten Daten zusammen. Für Gray's Reef wurden die Daten zusammengefasst und ausgewertet, um den Zusammenhang zwischen dem Vertrauen der Beteiligten in die Daten zu verstehen. Anhand einer 10-stufigen Vertrauensskala wurde das Vertrauen der Beteiligten in die Daten tabellarisch erfasst. Die Panel-Studie ergab, dass die Daten über die Besucherzahlen von mehreren Behörden (z. B. NOAA, U.S. Coast Guard, GADNR) und Quellen wie Satelliten, Bootsradar, Smart-Buoy, Patrouillen vor Ort und Unterwasser-Hydrofonen erhoben wurden. Dieser Umfang an Daten konnte nur durch die Anwendung des NMS-COUNT-Verfahrens erreicht werden, da die Daten erst in der zweiten und dritten Phase des Verfahrens gewonnen wurden. Der NMS-COUNT-Prozess half allen, die an der Verwaltung der Besucherzahlen beteiligt sind, zusammenzuarbeiten und die Arten von Daten zu verstehen, die von verschiedenen Stellen gesammelt werden. Der Prozess erleichterte auch die Integration verschiedener Datenquellen, um ein umfassenderes Verständnis der Besucherzahlen des Schutzgebiets zu erhalten.