Na Fase 3, os dados das contribuições do painel de especialistas são analisados e as lacunas são identificadas. Com base nessa análise, é elaborada uma metodologia específica para o santuário. Essa metodologia é personalizada para cada configuração específica de MPA, com base nos dados coletados nas Fases 1 e 2, bem como no feedback de gerentes e partes interessadas para avaliar a confiança associada a técnicas específicas de amostragem.
Assim como na Fase 1, o maior ônus da Fase 3 recai sobre o pesquisador. Uma metodologia adequada permite que os pesquisadores identifiquem os limites usando os dados existentes e ilustrem as lacunas que impedem que os gerentes compreendam totalmente o uso dos visitantes. Uma combinação de julgamento e feedback de especialistas permite que os pesquisadores determinem a utilidade de técnicas específicas de amostragem. A modelagem das fontes de dados existentes dentro de uma estrutura que atribui confiança a cada fonte ajuda a criar um ponto de partida para os números de visitação que podem ser desenvolvidos em iterações posteriores.
Na Fase 3, os pesquisadores compilaram os dados compartilhados por todas as várias partes interessadas. No caso de Gray's Reef, os dados foram sintetizados e avaliados para entender a correlação entre a confiança dos interessados nos dados. O estudo do painel revelou que os dados sobre a contagem de visitantes estavam sendo coletados por várias agências (ou seja, NOAA, Guarda Costeira dos EUA, GADNR) e fontes, incluindo satélite, radar de barco, boia inteligente, patrulhas no local e hidrofones subaquáticos. Essa amplitude de dados só foi obtida seguindo o processo NMS-COUNT, pois os dados surgiram durante a segunda e a terceira fases do processo. O processo NMS-COUNT ajudou todos os envolvidos no gerenciamento da visitação a colaborar e entender os tipos de dados coletados por vários órgãos. O processo também facilitou a integração de várias fontes de dados para proporcionar uma compreensão mais abrangente da visitação ao Santuário.