في المرحلة 3، يتم تحليل البيانات المستقاة من مدخلات لجنة الخبراء وتحديد الثغرات. يتم تصميم منهجية خاصة بالمحميّة بناءً على هذا التحليل. يتم تخصيص هذه المنهجية لكل محمية بحرية محددة، استنادًا إلى البيانات التي تم جمعها من خلال المرحلتين 1 و 2، بالإضافة إلى التعليقات الواردة من المديرين وأصحاب المصلحة لتقييم الثقة المرتبطة بتقنيات أخذ العينات المحددة.
على غرار المرحلة 1، يقع العبء الأكبر في المرحلة 3 على الباحث. وتسمح المنهجية المناسبة للباحثين بتحديد الحدود باستخدام البيانات الموجودة وتوضيح الثغرات التي تعيق المديرين عن فهم استخدام الزائرين بشكل كامل. يتيح الجمع بين حكم الخبراء والتغذية الراجعة للباحثين تحديد فائدة تقنيات معينة لأخذ العينات. تساعد نمذجة مصادر البيانات الحالية ضمن إطار عمل يعين الثقة لكل مصدر في إنشاء نقطة انطلاق لأعداد الزيارات التي يمكن البناء عليها في التكرارات اللاحقة.
في المرحلة 3، قام الباحثون بتجميع البيانات التي شارك بها جميع أصحاب المصلحة المختلفين. بالنسبة لشعاب غرايز ريف، تم تجميع البيانات وتقييمها لفهم العلاقة في الثقة في البيانات من قبل أصحاب المصلحة. باستخدام مقياس الثقة المكون من 10 نقاط، تم جدولة تصورات أصحاب المصلحة حول ثقتهم في البيانات. كشفت دراسة الفريق أن البيانات المتعلقة بتعداد الزوار يتم جمعها من قبل وكالات متعددة (أي الإدارة الوطنية للمحيطات والغلاف الجوي وخفر السواحل الأمريكي و GADNR) ومصادر بما في ذلك الأقمار الصناعية ورادار القوارب والعوامة الذكية والدوريات في الموقع والدوريات المائية تحت الماء. لم يتحقق هذا النطاق الواسع من البيانات إلا من خلال اتباع عملية NMS-COUNT، حيث ظهرت البيانات خلال المرحلتين الثانية والثالثة من العملية. ساعدت عملية NMS-COUNT جميع المشاركين في إدارة الزيارة على التعاون وفهم أنواع البيانات التي يتم جمعها عبر وكالات متعددة. كما سهلت العملية أيضًا دمج مصادر البيانات المتعددة لتوفير فهم أكثر شمولاً لزيارة المحمية.