In fase 3 worden de gegevens van het deskundigenpanel geanalyseerd en de hiaten geïdentificeerd. Op basis van deze analyse wordt een methodologie ontworpen die specifiek is voor het reservaat. Deze methodologie wordt aangepast aan elke specifieke MPA, gebaseerd op gegevens die in fase 1 en 2 zijn verzameld en op feedback van beheerders en belanghebbenden om het vertrouwen in specifieke bemonsteringstechnieken te beoordelen.
Net als in fase 1 ligt de grootste last in fase 3 bij de onderzoeker. Een geschikte methodologie stelt onderzoekers in staat om de beperkingen van bestaande gegevens vast te stellen en lacunes te illustreren die managers ervan weerhouden om het gebruik van bezoekers volledig te begrijpen. Een combinatie van het oordeel van experts en feedback stelt onderzoekers in staat om het nut van specifieke steekproeftechnieken te bepalen. Het modelleren van bestaande gegevensbronnen binnen een kader dat vertrouwen toekent aan elke bron helpt bij het creëren van een startpunt voor bezoekcijfers waarop in latere iteraties kan worden voortgebouwd.
In fase 3 verzamelden de onderzoekers de gegevens die door de verschillende belanghebbenden waren gedeeld. Voor Gray's Reef werden de gegevens samengevoegd en geëvalueerd om de correlatie in het vertrouwen van de belanghebbenden in de gegevens te begrijpen. Met behulp van een 10-punts vertrouwensschaal werden de percepties van de belanghebbenden over hun vertrouwen in de gegevens getabelleerd. Uit het panelonderzoek bleek dat gegevens over het aantal bezoekers werden verzameld door meerdere instanties (d.w.z. NOAA, U.S. Coast Guard, GADNR) en bronnen, waaronder satelliet, bootradar, smart-buoy, patrouilles ter plaatse en hydrofoons onder water. Deze grote hoeveelheid gegevens kon alleen worden verkregen door het NMS-COUNT proces te volgen, aangezien de gegevens tijdens de tweede en derde fase van het proces naar voren kwamen. Het NMS-COUNT proces hielp iedereen die betrokken was bij het beheer van de visitatie samen te werken en inzicht te krijgen in de soorten gegevens die door meerdere instanties werden verzameld. Het proces vergemakkelijkte ook de integratie van meerdere gegevensbronnen om een beter inzicht te krijgen in het bezoek aan het heiligdom.