3. Aşamada, uzman panelinden elde edilen veriler analiz edilir ve eksiklikler belirlenir. Bu analize dayalı olarak kutsal alana özel bir metodoloji tasarlanır. Bu metodoloji, Aşama 1 ve 2 aracılığıyla toplanan verilerin yanı sıra belirli örnekleme teknikleriyle ilişkili güveni değerlendirmek için yöneticilerden ve paydaşlardan gelen geri bildirimlere dayanarak her bir MPA ortamına göre özelleştirilir.
Aşama 1'e benzer şekilde, Aşama 3'te de en büyük yük araştırmacının üzerindedir. Uygun bir metodoloji, araştırmacıların mevcut verileri kullanarak sınırları belirlemelerine ve yöneticilerin ziyaretçi kullanımını tam olarak anlamalarını engelleyen boşlukları göstermelerine olanak tanır. Uzman görüşü ve geri bildirim kombinasyonu, araştırmacıların belirli örnekleme tekniklerinin faydasını belirlemelerine olanak tanır. Mevcut veri kaynaklarının her bir kaynağa güven atayan bir çerçevede modellenmesi, ziyaret sayıları için daha sonraki yinelemelerde üzerine inşa edilebilecek bir başlangıç noktası oluşturulmasına yardımcı olur.
3. Aşamada araştırmacılar çeşitli paydaşlar tarafından paylaşılan verileri derlemiştir. Gray's Reef için veriler sentezlenmiş ve paydaşların verilere olan güvenleri arasındaki korelasyonu anlamak için değerlendirilmiştir. Paydaşların verilere duydukları güvene ilişkin algıları 10 puanlık bir güven ölçeği kullanılarak tablolaştırılmıştır. Panel çalışması, ziyaretçi sayılarına ilişkin verilerin birden fazla kurum (yani NOAA, ABD Sahil Güvenlik, GADNR) ve uydu, tekne radarı, akıllı şamandıra, yerinde devriyeler ve su altı hidrofonları gibi kaynaklar tarafından toplandığını ortaya koymuştur. Bu veri genişliği ancak NMS-COUNT süreci takip edilerek elde edilebilmiştir, zira veriler sürecin ikinci ve üçüncü aşamalarında ortaya çıkmıştır. NMS-COUNT süreci, ziyaret yönetimine dahil olan herkesin işbirliği yapmasına ve birden fazla kurumda toplanan veri türlerini anlamasına yardımcı olmuştur. Süreç ayrıca, Sığınak'a yapılan ziyaretlerin daha kapsamlı bir şekilde anlaşılmasını sağlamak için birden fazla veri kaynağının entegrasyonunu kolaylaştırmıştır.