Nella fase 3, vengono analizzati i dati forniti dal gruppo di esperti e vengono identificate le lacune. Sulla base di questa analisi viene elaborata una metodologia specifica per il santuario. Questa metodologia è personalizzata per ogni specifica AMP, sulla base dei dati raccolti nelle fasi 1 e 2, nonché del feedback dei gestori e delle parti interessate per valutare la fiducia associata a specifiche tecniche di campionamento.
Come nella Fase 1, anche nella Fase 3 l'onere maggiore è a carico del ricercatore. Una metodologia appropriata consente ai ricercatori di identificare i limiti dei dati esistenti e di illustrare le lacune che impediscono ai gestori di comprendere appieno l'uso dei visitatori. Una combinazione di giudizio esperto e feedback consente ai ricercatori di determinare l'utilità di specifiche tecniche di campionamento. La modellazione delle fonti di dati esistenti all'interno di un quadro di riferimento che assegna fiducia a ciascuna fonte aiuta a creare un punto di partenza per i numeri delle visite che può essere costruito in iterazioni successive.
Nella Fase 3, i ricercatori hanno raccolto i dati condivisi da tutte le parti interessate. Per Gray's Reef, i dati sono stati sintetizzati e valutati per capire la correlazione della fiducia nei dati da parte degli stakeholder. Utilizzando una scala di fiducia a 10 punti, sono state tabulate le percezioni degli stakeholder in merito alla loro fiducia nei dati. Lo studio del panel ha rivelato che i dati sul conteggio dei visitatori sono stati raccolti da più agenzie (NOAA, Guardia Costiera degli Stati Uniti, GADNR) e da più fonti, tra cui il satellite, il radar delle imbarcazioni, le boe intelligenti, le pattuglie in loco e gli idrofoni subacquei. Questa ampiezza di dati è stata raggiunta solo seguendo il processo NMS-COUNT, poiché i dati sono emersi durante la seconda e la terza fase del processo. Il processo NMS-COUNT ha aiutato tutti i soggetti coinvolti nella gestione delle visite a collaborare e a comprendere i tipi di dati raccolti da più agenzie. Il processo ha inoltre facilitato l'integrazione di più fonti di dati per fornire una comprensione più completa delle visite al Santuario.