Tujuannya adalah untuk memiliki pemahaman lintas batas yang baik mengenai sistem konservasi alam nasional dan bagaimana orang-orang dan organisasi yang terlibat bekerja sama di tingkat trilateral. Pemahaman yang mendalam ini mendukung peningkatan pelaksanaan manajemen terkoordinasi dan menghubungkan kebijakan, rencana, dan kegiatan nasional dengan trilateral (dan sebaliknya).
Dalam Kerjasama Pemerintah Trilateral, setiap negara memiliki budaya politik dan prioritasnya masing-masing. Hal ini berpengaruh pada struktur pemerintahan dan masyarakat sipil dan dengan demikian pada proses pengambilan keputusan, yang pada gilirannya mempengaruhi konservasi dan pengelolaan alam.
Struktur konservasi alam nasional mengklarifikasi organisasi publik yang berbeda dan tingkat geopolitik yang berbeda yang bertanggung jawab atas perencanaan, pembuatan kebijakan, dan pelaksanaan kegiatan konservasi alam di lapangan. Selain itu, diperlukan pula definisi mengenai pengelola situs konservasi alam, peran, dan kompetensi mereka di setiap negara. Elemen-elemen ini merupakan kunci yang perlu dipertimbangkan ketika mengembangkan rencana pengelolaan terpadu transnasional (SIMP).
Semua kelompok yang memiliki kompetensi di bidang konservasi alam diwakili dalam struktur tata kelola trilateral. Beberapa di badan pengambil keputusan, Dewan Laut Wadden, dan yang lainnya dalam kelompok kerja yang berbeda.
Organisasi pemerintah yang terlibat dalam konservasi alam memiliki kepentingan untuk mengekspresikan dan mengklarifikasi peran dan kompetensi mereka di tingkat nasional. Hal ini membantu untuk mengelola dan menyesuaikan ekspektasi serta untuk merancang struktur trilateral termasuk organisasi dan kelompok non-pemerintah yang relevan.