Lo scopo è quello di avere una buona comprensione transfrontaliera dei sistemi nazionali di conservazione della natura e di come le persone e le organizzazioni coinvolte lavorano insieme a livello trilaterale. Questa profonda comprensione favorisce il miglioramento dell'attuazione di una gestione coordinata e il collegamento delle politiche, dei piani e delle attività nazionali a quelle trilaterali (e viceversa).
Nella cooperazione governativa trilaterale, ogni Paese ha la propria cultura politica e le proprie priorità. Questo ha un'influenza sulle strutture governative e della società civile e quindi sui processi decisionali, che a loro volta influenzano la conservazione e la gestione della natura.
Le strutture nazionali di conservazione della natura chiariscono quali sono le diverse organizzazioni pubbliche e i diversi livelli geopolitici responsabili della pianificazione, della definizione delle politiche e dell'attuazione delle attività di conservazione della natura sul campo. È stata inoltre richiesta una definizione dei gestori dei siti di conservazione della natura, dei loro ruoli e delle loro competenze per ogni Paese. Questi elementi sono fondamentali per lo sviluppo di un piano di gestione integrata transnazionale (SIMP).
Tutti i gruppi con competenze nella conservazione della natura sono rappresentati nella struttura di governance trilaterale. Alcuni nell'organo decisionale, il Wadden Sea Board, altri nei diversi gruppi di lavoro.
È nell'interesse delle organizzazioni governative coinvolte nella conservazione della natura esprimere e chiarire i propri ruoli e le proprie competenze a livello nazionale. Questo aiuta a gestire e regolare le aspettative e a progettare una struttura trilaterale che includa le organizzazioni e i gruppi non governativi interessati.