El objetivo es lograr una buena comprensión transfronteriza de los sistemas nacionales de conservación de la naturaleza y del modo en que las personas y organizaciones implicadas colaboran a nivel trilateral. Este profundo conocimiento contribuye a mejorar la aplicación de una gestión coordinada y a vincular las políticas, planes y actividades nacionales con las trilaterales (y viceversa).
En la Cooperación Gubernamental Trilateral, cada país tiene su propia cultura política y sus propias prioridades. Esto influye en las estructuras gubernamentales y de la sociedad civil y, por tanto, en los procesos de toma de decisiones, lo que a su vez influye en la conservación y gestión de la naturaleza.
Las estructuras nacionales de conservación de la naturaleza aclaran cuáles son las distintas organizaciones públicas y los distintos niveles geopolíticos responsables de la planificación, la elaboración de políticas y la ejecución de las actividades de conservación de la naturaleza sobre el terreno. También se requiere una definición de los gestores de los sitios de conservación de la naturaleza, sus funciones y competencias por país. Estos elementos son fundamentales a la hora de elaborar un plan transnacional de gestión integrada (SIMP).
Todos los grupos con competencias en conservación de la naturaleza están representados en la estructura de gobernanza trilateral. Algunos en el órgano decisorio, el Consejo del Mar de Wadden, y otros en los distintos grupos de trabajo.
A las organizaciones gubernamentales implicadas en la conservación de la naturaleza les interesa expresar y aclarar sus funciones y competencias a nivel nacional. Esto ayuda a gestionar y ajustar las expectativas, así como a diseñar una estructura trilateral que incluya a las organizaciones y grupos no gubernamentales pertinentes.