Het doel is om een goed grensoverschrijdend inzicht te krijgen in de nationale natuurbehoudsystemen en hoe de betrokken mensen en organisaties op trilateraal niveau samenwerken. Dit diepgaande begrip ondersteunt de verbetering van de implementatie van gecoördineerd beheer en de koppeling van nationaal aan trilateraal (en viceversa) beleid, plannen en activiteiten.
In de Trilaterale Overheidssamenwerking heeft elk land zijn eigen politieke cultuur en prioriteiten. Dit heeft invloed op de overheids- en maatschappelijke structuren en daarmee op besluitvormingsprocessen, die op hun beurt weer van invloed zijn op natuurbescherming en -beheer.
De nationale natuurbehoudstructuren maken duidelijk welke de verschillende overheidsorganisaties en de verschillende geopolitieke niveaus zijn die verantwoordelijk zijn voor de planning, beleidsvorming en uitvoering van natuurbehoudactiviteiten in het veld. Er is ook een definitie nodig van de beheerders van natuurgebieden, hun rollen en bevoegdheden per land. Deze elementen zijn belangrijk om in overweging te nemen bij het ontwikkelen van een transnationaal geïntegreerd beheerplan (SIMP).
Alle groepen met bevoegdheden op het gebied van natuurbehoud zijn vertegenwoordigd in de trilaterale bestuursstructuur. Sommigen in het besluitvormingsorgaan, de Raad voor de Waddenzee, en anderen in de verschillende werkgroepen.
Het is in het belang van overheidsorganisaties die betrokken zijn bij natuurbehoud om hun rollen en bevoegdheden op nationaal niveau uit te drukken en te verduidelijken. Dit helpt bij het managen en bijstellen van verwachtingen en bij het ontwerpen van een trilaterale structuur met de relevante niet-gouvernementele organisaties en groepen.
