O objetivo é ter um bom entendimento transfronteiriço dos sistemas nacionais de conservação da natureza e de como as pessoas e organizações envolvidas trabalham juntas em nível trilateral. Essa compreensão profunda apoia o aprimoramento da implementação do gerenciamento coordenado e a vinculação de políticas, planos e atividades nacionais às trilaterais (e vice-versa).
Na Cooperação Governamental Trilateral, cada país tem sua própria cultura e prioridades políticas. Isso influencia as estruturas governamentais e da sociedade civil e, portanto, os processos de tomada de decisão, que, por sua vez, influenciam a conservação e o gerenciamento da natureza.
As estruturas nacionais de conservação da natureza esclarecem quais são as diferentes organizações públicas e os diferentes níveis geopolíticos responsáveis pelo planejamento, elaboração de políticas e implementação de atividades de conservação da natureza no local. Também foi necessária uma definição dos gerentes de locais de conservação da natureza, suas funções e competências por país. Esses elementos são fundamentais a serem considerados no desenvolvimento de um plano de gerenciamento integrado transnacional (SIMP).
Todos os grupos com competências em conservação da natureza estão representados na estrutura de governança trilateral. Alguns no órgão decisório, o Conselho do Mar de Wadden, e outros nos diferentes grupos de trabalho.
É do interesse das organizações governamentais envolvidas na conservação da natureza expressar e esclarecer suas funções e competências em nível nacional. Isso ajuda a gerenciar e ajustar as expectativas, bem como a projetar uma estrutura trilateral que inclua as organizações e os grupos não governamentais relevantes.