L'objectif est d'avoir une bonne compréhension transfrontalière des systèmes nationaux de conservation de la nature et de la manière dont les personnes et les organisations impliquées travaillent ensemble au niveau trilatéral. Cette compréhension approfondie permet d'améliorer la mise en œuvre d'une gestion coordonnée et de relier les politiques, plans et activités nationaux aux politiques, plans et activités trilatéraux (et vice-versa).
Dans le cadre de la coopération gouvernementale trilatérale, chaque pays a sa propre culture politique et ses propres priorités. Cela a une influence sur les structures gouvernementales et de la société civile et donc sur les processus de prise de décision, qui à leur tour influencent la conservation et la gestion de la nature.
Les structures nationales de conservation de la nature clarifient les différentes organisations publiques et les différents niveaux géopolitiques qui sont responsables de la planification, de l'élaboration des politiques et de la mise en œuvre des activités de conservation de la nature sur le terrain. Une définition des gestionnaires de sites de conservation de la nature, de leur rôle et de leurs compétences par pays est également nécessaire. Ces éléments sont essentiels à prendre en compte lors de l'élaboration d'un plan de gestion intégré transnational (PGIT).
Tous les groupes compétents en matière de conservation de la nature sont représentés dans la structure de gouvernance trilatérale. Certains au sein de l'organe décisionnel, le Conseil de la mer des Wadden, et d'autres dans les différents groupes de travail.
Il est dans l'intérêt des organisations gouvernementales impliquées dans la conservation de la nature d'exprimer et de clarifier leurs rôles et leurs compétences au niveau national. Cela permet de gérer et d'ajuster les attentes, ainsi que de concevoir une structure trilatérale incluant les organisations et groupes non gouvernementaux concernés.