La coordinación del proyecto ha venido conformando una alianza con gobiernos locales, centros de investigación y organizaciones de base con presencia específica en cada una de las cuencas del proyecto para asegurar una comunicación directa con los productores y otros actores del territorio. Gracias a la red de ONGs locales, se ha producido un mayor impacto en los talleres de presentación de información y resultados a los productores y a hacer una traducción eficaz de los diagnósticos a la realidad en campo. Ejemplos de este apoyo en el territorio incluyen: i) el manejo de intereses diferentes y de potenciales conflictos entre actores en el PN Cofre de Perote; ii) creación de sinergias por parte de las instituciones  a nivel de gobierno, a través de sus programas de asistencia social, de subsidios, dirigidos a ciertos lugares que coinciden con el proyecto; iii) establecimiento de líneas de trabajo coordinadas desde nivel gobierno, desde ANP hasta las OSC; iv) coalición entre OSC podían tener más impacto en el territorio, reducir costos; aprovechar las diferentes capacidades de los diferentes actores y potenciar el impacto de las acciones.

Como parte de la planeación territorial integral entre las subunidades dentro de las cuencas, los PAMIC consideran las dinámicas de transformación del paisaje y buscan identificar y conservar los elementos clave del ecosistema, tanto naturales como antrópicos. En la filosofía de los PAMIC, conservar no significa “no tocar” aquellos ecosistemas saludables, sino que interesa fomentar y sembrar la idea de que la conservación no es sólo para los ecosistemas naturales conservados o vegetación secundaria sino también incluye recuperar y usar aquellas prácticas y técnicas que permiten un buen uso del territorio como seria en café de sombra, el manejo forestal sustentables. Estas prácticas son también consideradas como elementos clave del ecosistema y son prácticas que van más allá de conservar sólo por conservar. Por ejemplo, un manejo agrosilvopastoril implica no extender el área de pastoreo sino, concentrar en el territorio un manejo más integrado, en el cual tenemos en un mismo territorio, mejores rendimientos y mayores impactos. Estamos beneficiando a los ecosistemas y a la economía local que hace un buen uso del territorio, suelo, servicios ambientales.

Para promover una conectividad operativa entre las diversas subcuencas, incluyendo ecosistemas y prácticas productivas, se buscó un hilo conductor que vinculara la dinámica de los diversos territorios y actores de la parte alta y de la parte baja de cada cuenca. El modelado de la provisión superficial de agua y del potencial de retención de sedimentos en las diversas subcuencas permitió identificar las relaciones emisor-receptor-acumulación, y de ahí empezar a conectar las dinámicas entre las zonas que demanda los SE (ej, poblaciones, zonas turísticas y hoteleras) y aquellos que los producen (zonas montañosas con cobertura forestal). A partir de ello, se reunió a los diversos actores para enseñarles las características de los territorios donde estos dos servicios estaban presentes y, sobre todo fomentar, a través de la generación de información clave, a nivel productivo y de servicios hidrológicos, que los actores de gobierno y de asociaciones civiles, se vieran en el territorio y se preguntaran qué se hace, cómo se hace, y por qué.

Para la creación y desarrollo de los PAMIC, diversas instancias de gobierno pertenecientes al sector ambiental unieron esfuerzos y diseñaron un proyecto muy vanguardista e innovador que surge de la sincronía de tres instituciones de gobierno federal y de un fondo privado. El INECC coordina la construcción de los planes (PAMIC); la CONANP consolida la gestión y operación en ANPs, y la CONAFOR implementa el esquema de Pago por Servicios Ambientales (PSA) del fondo de biodiversidad. Por su parte, el FMCN contribuye con su experiencia en el manejo de esquemas de financiamiento; mediante dichos arreglos interinstitucionales, se formaron dos fondos más para detonar efectos. Además, el diseño de gobernanza y coordinación interinstitucional incluye un Comité Técnico del Proyecto que supervisa y dirige la operación del C6; una Unidad Coordinadora del Proyecto y dos Unidades Regionales de Proyecto, las cuales tienen la responsabilidad de la coordinación diaria en temas técnicos y logísticos. Este diseño de coordinación interinstitucional es parte esencial para generar mayores alcances en el ordenamiento del territorio buscando impactos colectivos.

Para lograr la sostenibilidad pesquera, es preciso contar con la participación de todos los actores involucrados en la toma de decisiones. De ese modo comparten responsabilidades y derechos por el uso y manejo de los recursos, la resolución de conflictos, e intercambian conocimiento. Es esto lo que se conoce como co-manejo pesquero; donde los involucrados se convierten en aliados y colaboran para alcanzar un mismo objetivo.

Para lograr esto, primero se identificaron a todos los aliados potenciales: las comunidades pesqueras, el sector de gobierno, academia, organizaciones de la sociedad civil y el mercado. Se les invitó a colaborar y se realizaron una serie de reuniones con participación de todos los actores, en donde se diseñó el proyecto, sus objetivos y metas. Se invitó a los actores a formar parte del proyecto y a que aportaran a éste desde su experiencia y campo de trabajo. Esto se formalizó firmando un memorándum de entendimiento. Ahora, se realizan reuniones semestrales en donde se presentan los avances generados y se establecen las siguientes metas, siempre buscando la transparencia y fomentando la confianza y participación equitativa.

El programa incluye trabajar con los egresados quienes se convierten en "fellows" del programa y son quienes ayudan a la siguiente generación.

Si bien todos los participantes entraban en un programa de capacitación, los ganadores se ganaban un viaje extraordinario a La Antártida, para lo cual también tenían que preparar su mente y su cuerpo.

En ese viaje también aprendían tanto de los científicos que llevan a cabo trabajos de monitoreo en la estación climática, como del sitio. Ahí veían cómo todo está conectado y que sus proyectos locales tenían un impacto en el clima a nivel global.

Por su naturaleza, las pesquerías en pequeña escala suelen contar con datos limitados, poco sistematizados y de escalas de tiempo cortas. Esta escasez de información representa un reto para conocer, por ejemplo, la interacción que tiene el arte de pesca con el ecosistema y su impacto en el hábitat; dicha información es fundamental en la implementación de un proyecto de mejora pesquera. Alrededor del mundo, se han desarrollado diferentes metodologías que permiten generar información sobre los impactos de la pesquería en el ecosistema; una de ellas, es la modelación a partir del programa Ecopath con Ecosim.             
COBI utilizó esta herramienta incluyendo información generada por las pescadoras y los pescadores mediante las bitácoras de pesca, así como información biológica y ecológica para las especies que habitan las zonas de pesca. Además, para robustecer el modelo, se integró el conocimiento ecológico tradicional de las comunidades pesqueras mediante la aplicación de entrevistas, de las cuales se obtuvo información relevante sobre la alimentación de las especies, su distribución geográfica, temporada reproductiva, etc.

Para lograr el éxito en la sostenibilidad de los recursos pesqueros, debe existir una participación activa de diversos actores (comunidades pesqueras, sector de gobierno, academia, organizaciones de la sociedad civil y el mercado). En 2018, COBI comenzó a monitorear los costos (económicos y en especie) asociados a la implementación y desarrollo de proyectos de mejora pesquera. A partir de este ejercicio, se documentó que generalmente al inicio de los proyectos, la filantropía realiza la mayor inversión económica a través de OSC, mientras que las comunidades pesqueras la realizan en especie (p.ej. poniendo a disposición sus embarcaciones para las actividades), y también otros actores participan (p. ej., instancias de gobierno o academia). El objetivo de la co-inversión comunitaria, es conseguir que, con el tiempo las comunidades pesqueras se organicen y comprometan para continuar solventando los gastos asociados a este tipo de proyectos, y lograr una mayor autonomía financiera. COBI y las comunidades pesqueras desarrollaron en conjunto una estrategia por escrito con un plazo a cinco años, en donde las comunidades se comprometen a mantener un porcentaje de aportaciones económicas gradual para lograr co-responsabilidad y manejar el proyecto por su cuenta.

Esta línea propone orientar la mirada hacia los procesos internos de producción y operación, a fin de identificar fases o etapas críticas desde lo ambiental, que permitan incorporar mejoras en el desempeño socio ambiental, siempre en un marco de mejora continua. Involucra aspectos propios de los procesos productivos tales como gestión de residuos, efluentes y emisiones, gestión de recursos naturales (suelo, agua), manejo racional de agroquímicos, diseño de infraestructura, etc. Un aspecto importante, y que el programa intenta promover, es la incorporación de certificaciones (locales, nacionales o internacionales). Las mismas constituyen herramientas válidas que permiten a las organizaciones/empresas/cooperativas, no sólo alcanzar mejores estándares ambientales, sino también incorporar valor adicional a sus productos y mantener o incorporar mercados para los mismos.