Por su naturaleza, las pesquerías en pequeña escala suelen contar con datos limitados, poco sistematizados y de escalas de tiempo cortas. Esta escasez de información representa un reto para conocer, por ejemplo, la interacción que tiene el arte de pesca con el ecosistema y su impacto en el hábitat; dicha información es fundamental en la implementación de un proyecto de mejora pesquera. Alrededor del mundo, se han desarrollado diferentes metodologías que permiten generar información sobre los impactos de la pesquería en el ecosistema; una de ellas es la modelación a partir del programa Ecopath con Ecosim.  
COBI utilizó esta herramienta incluyendo información generada por las pescadoras y los pescadores mediante las bitácoras de pesca, así como información biológica y ecológica para las especies que habitan las zonas de pesca. Además, para robustecer el modelo, se integró el conocimiento ecológico tradicional de las comunidades pesqueras mediante la aplicación de entrevistas, de las cuales se obtuvo información relevante sobre la alimentación de las especies, su distribución geográfica, temporada reproductiva y de avistamiento.

Cuando pensamos en la pesca, imaginamos espacios en donde predominan los hombres y la única actividad es la extracción de los recursos. Para poder tener la imagen completa de la pesquería, es importante incluir las actividades de post, pre-captura y complementarias. Esto permite conocer más a detalle a la pesquería e identificar y reconocer la labor que desempeñan las pescadoras y los pescadores.  

Desde el año 2015, COBI ha participado implementando proyectos de mejora pesquera de peces en colaboración con el sector productivo. Además de las mejoras ambientales, actualmente estos proyectos buscan las mejoras sociales que incluyan la igualdad de género. Al inicio de estos proyectos, se identificó que el trabajo que realizaban las mujeres, al no ser un trabajo de extracción, no estaba reconocido como parte de la pesquería, paradigma que se está logrando romper con años de trabajo. 

Una estrategia de captura es un conjunto de herramientas acordadas formal o tradicionalmente, utilizadas para asegurar un buen aprovechamiento del recurso. En la pesquería de peces, representa un reto definir estas estrategias y evaluar si funcionan o no, ya que esta actividad suele incluir a un gran número de especies con diferentes características biológicas.

Para poder identificar las estrategias de captura utilizadas en la pesquería de peces, se implementó un monitoreo pesquero a través de bitácoras. En éstas se incluye información de capturas, esfuerzo, artes de pesca y tallas y peso de las capturas. La información recabada en las bitácoras es analizada cada seis meses, con el fin de conocer la pesquería e identificar oportunidades de mejora. Dos ejemplos de mejoras realizadas por comunidades pesqueras, han sido el modificar el arte de pesca, con el fin de tener una pesca más selectiva. También, han decidido establecer acuerdos de talla mínima de captura para las especies de peces. Esta información registrada por las y los pescadores es compartida con el sector gobierno para contar con más información para conocer el estado de las pesquerías y definir estrategias de manejo sostenible

Para lograr la sostenibilidad pesquera, es preciso contar con la participación de todos los actores involucrados en la toma de decisiones. De ese modo comparten responsabilidades y derechos por el uso y manejo de los recursos, la resolución de conflictos, e intercambian conocimiento. Es esto lo que se conoce como co-manejo pesquero; donde los involucrados se convierten en aliados y colaboran para alcanzar un mismo objetivo.

Para lograr esto, primero se identificaron a todos los aliados potenciales: las comunidades pesqueras, el sector de gobierno, academia, organizaciones de la sociedad civil y el mercado. Se les invitó a colaborar y se realizaron una serie de reuniones con participación de todos los actores, en donde se diseñó el proyecto, sus objetivos y metas. Se invitó a los actores a formar parte del proyecto y a que aportaran a éste desde su experiencia y campo de trabajo. Esto se formalizó firmando un memorándum de entendimiento. Ahora, se realizan reuniones semestrales en donde se presentan los avances generados y se establecen las siguientes metas, siempre buscando la transparencia y fomentando la confianza y participación equitativa.