Lorsqu'il entreprend une tâche de planification ou de zonage, il est rare qu'un planificateur ait accès à toutes les informations ou connaissances qu'il souhaiterait pour l'ensemble de la zone de planification. Qu'il s'agisse de données écologiques plus cohérentes sur l'ensemble de la zone de planification ou d'une compréhension plus complète de l'ensemble des informations sociales et économiques, le planificateur est souvent confronté aux choix suivants :

1. attendre d'avoir plus de données (dans le but ultime d'accumuler des informations "parfaites" sur tous les ensembles de données requis) ; ou
2. Travailler avec les meilleures connaissances scientifiques disponibles et accepter que, même si elles ne sont pas parfaites, elles sont adéquates à condition que les lacunes des données soient comprises (par les planificateurs et les décideurs) et clairement expliquées au public et aux décideurs. Une connaissance insuffisante des écosystèmes marins peut empêcher la définition d'objectifs significatifs ou de résultats souhaitables lors de la planification. En 2002, David Suzuki s'est demandé comment nous pouvions planifier et gérer efficacement alors que "... à ce jour, tout ce que nous avons réellement identifié, c'est... environ 10 à 20 % de tous les êtres vivants", et que "... nous disposons d'un inventaire si pauvre des constituants et d'un plan pratiquement inutile de la façon dont tous les composants interagissent...".

Les systèmes d'aide à la décision (DSS) ou les outils analytiques, tels que Marxan ou SeaSketch, sont souvent présentés comme une condition préalable à une planification efficace de l'espace marin, en fournissant une solution rapide et fiable à un problème de planification. Il est naturel pour les utilisateurs de DSS d'espérer que l'utilisation du DSS produira "la réponse" et fournira donc la solution à leur problème de planification. Le plus souvent, les DSS produisent des résultats simplistes qui doivent être modifiés à l'aide d'autres méthodes de planification. Tous les outils DSS ont des limites et ne peuvent pas compenser les données manquantes ou incomplètes. Ils peuvent produire des effets secondaires inattendus et sont souvent incapables de répondre à la complexité des problèmes de planification du monde réel. Les résultats de la planification ont peu de valeur pratique si les valeurs sociales, culturelles et économiques ne sont pas prises en compte - cependant, il est rare que ces données soient facilement disponibles sous une forme modifiable par un DSS ou à une résolution spatiale appropriée. Dans la GBR, le DSS a généré une "empreinte" de diverses options de zones "sans prélèvement", mais il ne pouvait pas prendre en compte les huit types de zones, de sorte que d'autres méthodes de planification ont dû être appliquées. Cependant, le véritable avantage était la capacité de générer des métriques pour informer le développement du meilleur réseau possible de zones d'interdiction de pêche.

Le nouveau réseau de zones d'interdiction de pêche (NTZ) dans la GBR a été guidé par 11 principes opérationnels biophysiques élaborés sur la base des principes généraux de conception des réserves et des meilleures connaissances disponibles sur l'écosystème de la GBR (voir Ressources). Ces principes sont les suivants

• Disposer de quelques NTZ de grande taille (plutôt que de nombreuses NTZ de petite taille)
• Prévoir une réplication suffisante des NTZ pour se prémunir contre les impacts négatifs.
• Lorsqu'un récif se trouve à l'intérieur d'une NTZ, l'ensemble du récif doit être inclus.
• Représenter au moins 20 % de chaque biorégion dans les NTZ.
• Représenter la diversité interstitielle et latitudinale dans le réseau de NTZ.
• Utiliser au maximum les informations environnementales telles que la connectivité pour former des réseaux viables.
• Incorporer des lieux biophysiquement spéciaux/uniques
• Tenir compte des utilisations de la mer et des utilisations des terres adjacentes lors du choix des NTZ.

Quatre principes opérationnels de faisabilité sociale, économique, culturelle et de gestion ont également été appliqués :

• Maximiser la complémentarité des NTZ avec les valeurs, les activités et les opportunités humaines ;
• Veiller à ce que la sélection finale des NTZ tienne compte des coûts et des avantages sociaux ;
• Maximiser le placement des NTZ dans des lieux qui complètent et incluent les dispositions actuelles et futures de gestion et d'occupation ; et
• Maximiser la compréhension et l'acceptation des NTZ par le public, et faciliter l'application des NTZ.

Les limites de la zone peuvent être décrites comme une distance spécifiée à partir du bord d'un élément géographique (par exemple, "500 m du bord du récif"). Il en résulte normalement une limite de zone de forme irrégulière. La représentation d'un récif ou d'un groupe de récifs de cette manière peut sembler écologiquement appropriée sur une carte, mais l'utilisation du bord de ces caractéristiques pour tracer les limites de la zone s'est avérée très difficile à interpréter sur l'eau. Par exemple, de nombreuses parties de récifs sont fragmentées ou parfois submergées, de sorte qu'il est difficile sur l'eau de déterminer le bord du récif, puis de l'utiliser pour estimer une distance. En outre, il n'est pas facile d'estimer 500 m (ou même 100 m) sur l'eau. Les limites des zones basées sur les coordonnées, basées sur la longitude/latitude et indiquées en degrés et minutes décimales, ont donc été introduites dans le plan de zonage de la GBR de 2003. Elles englobent entièrement les caractéristiques écologiques (c'est-à-dire bien au-delà du bord des récifs/îles entiers). Les limites des zones sont orientées vers le nord, le sud, l'est et l'ouest pour faciliter la navigation ou sont constituées de lignes droites entre deux coordonnées faciles à déterminer. Les lignes droites semblent moins "écologiquement appropriées", mais elles sont plus faciles à localiser et à faire respecter dans les zones offshore, en particulier si l'on utilise des appareils électroniques tels qu'un système de positionnement global (GPS) ou une table traçante.

La différence entre un zonage par objectif et un zonage par activité s'explique le mieux par un exemple : une zone "interdite au chalutage" peut indiquer clairement qu'une activité est interdite (c'est-à-dire que tout le chalutage est interdit dans cette zone), mais elle peut ne pas indiquer clairement quelles autres activités peuvent être autorisées ou non. L'objectif de la zone de protection de l'habitat permet à une série d'activités ayant un impact (relativement) minime sur l'habitat benthique de se dérouler dans cette zone ; par exemple, la navigation de plaisance, la plongée et la recherche à impact limité sont autorisées, de même que certaines activités extractives telles que la pêche à la ligne, la pêche au filet, la pêche à la traîne et la pêche au harpon (c'est-à-dire certaines activités de pêche, mais pas toutes). Toutefois, l'objectif de la zone et les dispositions connexes en matière de zonage interdisent clairement le chalutage de fond, le dragage ou toute autre activité préjudiciable aux habitats sensibles de cette zone. Dans la plupart des océans, de nombreuses activités marines existantes ou potentielles doivent être gérées, mais beaucoup de ces activités sont complémentaires et peuvent se dérouler dans la même zone ; si le zonage est utilisé pour traiter toutes les activités existantes (et le zonage des océans est certainement un outil important pour ce faire), il est préférable que le zonage se fasse par objectif plutôt que pour chaque activité individuelle.

Dans certaines parties du monde, le zonage est basé uniquement sur l'autorisation ou l'interdiction d'activités spécifiques dans des zones spécifiques. Dans la RGO, il existe un éventail de zones, chacune ayant des objectifs différents ; ces zones autorisent toute une série d'activités à condition que chacune d'entre elles soit conforme à l'objectif de la zone concernée. Les dispositions du plan de zonage s'appliquent à tous les utilisateurs du GBR. Le plan de zonage détaille deux listes spécifiques de dispositions d'"utilisation ou d'entrée" pour chaque zone ; elles aident à déterminer les types d'activités qui sont appropriées dans cette zone particulière. 1. La première liste indique les activités qui sont autorisées dans cette zone ("de plein droit") et qui ne nécessitent pas de permis ; 2. la seconde liste stipule les activités qui peuvent avoir lieu dans cette zone particulière, mais seulement après qu'un permis a été évalué et, si la demande répond à toutes les exigences nécessaires, un permis a été accordé. Le règlement précise la procédure d'évaluation et les critères d'octroi du permis, qui varient en fonction de l'activité proposée. Certaines zones peuvent également stipuler des restrictions sur les types d'engins de pêche, ce qui offre également différents niveaux de protection. Si une activité n'est pas mentionnée aux points (1) ou (2) ci-dessus, elle est interdite dans cette zone.