Quando si intraprende un lavoro di pianificazione o di zonizzazione, raramente un pianificatore ha accesso a tutte le informazioni o conoscenze che vorrebbe per l'intera area di pianificazione. Che si tratti di dati ecologici più coerenti sull'intera area di pianificazione o di una comprensione più completa dell'intera gamma di informazioni sociali ed economiche, un pianificatore si trova spesso di fronte alle seguenti scelte:

1. Aspettare di avere più dati (con l'obiettivo finale di accumulare informazioni "perfette" su tutti gli insiemi di dati richiesti); oppure
2. Lavorare con le migliori conoscenze scientifiche disponibili e accettare che, pur non essendo perfette, sono adeguate a condizione che le carenze dei dati siano comprese (dai pianificatori e dai decisori) e spiegate chiaramente al pubblico e ai decisori. Una conoscenza insufficiente degli ecosistemi marini può impedire la definizione di obiettivi significativi o di risultati desiderabili in sede di pianificazione. David Suzuki nel 2002 si è chiesto come possiamo pianificare e gestire efficacemente quando "... ad oggi tutto ciò che abbiamo effettivamente identificato sono ... circa il 10-20% di tutti gli esseri viventi" e "... abbiamo un inventario così scarso dei costituenti e un progetto virtualmente inutile di come tutti i componenti interagiscono?".

I sistemi di supporto alle decisioni (DSS) o gli strumenti analitici, come Marxan o SeaSketch, sono spesso promossi come un prerequisito per un'efficace pianificazione dello spazio marino, fornendo una soluzione rapida e affidabile a un problema di pianificazione. È naturale per gli utenti dei DSS sperare che l'uso del DSS generi "la risposta" e quindi fornisca la soluzione al loro problema di pianificazione. Il più delle volte i DSS producono risultati semplicistici che devono essere modificati con altri metodi di pianificazione. Tutti gli strumenti DSS hanno dei limiti e non possono compensare i dati mancanti o incompleti. Possono produrre effetti collaterali indesiderati e spesso non sono in grado di soddisfare la complessità dei problemi di pianificazione del mondo reale. I risultati della pianificazione sono di scarso valore pratico se non si considerano i valori sociali, culturali ed economici, ma raramente tali dati sono facilmente disponibili in una forma adatta a un DSS o a una risoluzione spaziale adeguata. Nella GBR, il DSS ha generato un'"impronta" di varie opzioni di zone "no-take", ma non poteva tener conto degli otto tipi di zone, per cui è stato necessario applicare altri metodi di pianificazione. Tuttavia, il vero vantaggio è stata la capacità di generare metriche per informare lo sviluppo della migliore rete di zone di divieto di pesca possibile.

La nuova rete di zone di divieto di pesca (NTZ) nella GBR è stata guidata da 11 principi operativi biofisici sviluppati utilizzando i principi generali di progettazione delle riserve e le migliori conoscenze disponibili sull'ecosistema della GBR (vedi Risorse). Tali principi comprendono

• avere poche NTZ più grandi (piuttosto che molte più piccole)
• avere un numero sufficiente di NTZ da replicare per evitare impatti negativi.
• Quando una barriera corallina si trova all'interno di una ZTN, dovrebbe essere inclusa l'intera barriera.
• Rappresentare almeno il 20% di ogni bioregione nelle ZTL
• Rappresentare la diversità trasversale e latitudinale nella rete di ZTL
• Massimizzare l'uso delle informazioni ambientali, come la connettività, per formare reti vitali.
• Incorporare luoghi biofisicamente speciali/unici.
• Considerare gli usi del mare e della terra adiacenti nella scelta delle ZTL.

Sono stati applicati anche quattro principi operativi di fattibilità sociale, economica, culturale e gestionale:

• Massimizzare la complementarità delle ZTN con i valori, le attività e le opportunità umane;
• Assicurare che la selezione finale delle ZTN riconosca i costi e i benefici sociali;
• massimizzare la collocazione delle ZTN in luoghi che integrino e includano gli attuali e futuri accordi di gestione e di proprietà; e
• massimizzare la comprensione e l'accettazione delle ZTN da parte del pubblico e facilitare l'applicazione delle ZTN.

I confini di zona possono essere descritti come una distanza specifica dal bordo di un elemento geografico (ad esempio, "500 m dal bordo della barriera corallina"). In genere si ottiene un confine di zona di forma irregolare. La rappresentazione di una barriera corallina o di un gruppo di barriere coralline in questo modo può sembrare ecologicamente appropriata su una mappa, ma l'utilizzo del bordo di tali elementi per tracciare i confini delle zone si è rivelato molto difficile da interpretare in acqua. Ad esempio, molte parti della barriera corallina sono frammentate o talvolta sommerse, per cui è difficile determinare il bordo della barriera corallina e poi usarlo per stimare una distanza. Inoltre, non è facile stimare 500 m (o anche 100 m) in acqua. Nel Piano di zonizzazione della RGE del 2003 sono stati quindi introdotti confini di zona basati su coordinate, basati su longitudine/latitudine e indicati in gradi e minuti decimali. Questi comprendono completamente le caratteristiche ecologiche (cioè ben al di fuori del bordo di intere scogliere/isole). I confini delle zone sono orientati a nord, sud, est e ovest per facilitare la navigazione o comprendono linee rette tra due coordinate facilmente determinabili. Le linee rette sembrano meno "appropriate dal punto di vista ecologico", ma sono più facili da localizzare e da far rispettare nelle aree offshore, soprattutto se si utilizzano dispositivi elettronici come il sistema di posizionamento globale GPS o il plotter.

La differenza tra zonizzazione per obiettivo e zonizzazione per attività si spiega meglio con un esempio: una zona "vietata alla pesca a strascico" può indicare chiaramente che un'attività è proibita (ad esempio, tutta la pesca a strascico è vietata in quella zona), ma può non essere chiaro quali altre attività possono essere consentite o meno. L'obiettivo della zona di protezione dell'habitat consente una serie di attività che hanno un impatto (relativamente) minimo sull'habitat bentonico; ad esempio, sono consentite la navigazione, le immersioni e la ricerca a impatto limitato, nonché alcune attività estrattive come la pesca con la lenza, le reti, la pesca alla traina e la pesca subacquea (cioè alcune attività di pesca, ma non tutte). Tuttavia, l'obiettivo della zona e le relative disposizioni di zonizzazione vietano chiaramente la pesca a strascico, il dragaggio o qualsiasi altra attività dannosa per gli habitat sensibili di quella zona. Nella maggior parte degli oceani ci sono molte attività marine esistenti o potenziali che devono essere gestite, ma molte di queste attività sono complementari e possono svolgersi all'interno della stessa zona; se la zonizzazione viene utilizzata per affrontare tutte le attività esistenti (e la zonizzazione oceanica è certamente uno strumento importante per farlo), allora è preferibile che la zonizzazione avvenga per obiettivo piuttosto che per singola attività.

In alcune parti del mondo, la zonizzazione si basa esclusivamente sull'autorizzazione o sul divieto di svolgere determinate attività in aree specifiche. Nella RGE esiste uno spettro di zone, ciascuna con obiettivi diversi; queste zone consentono lo svolgimento di una serie di attività, a condizione che ciascuna di esse sia conforme all'obiettivo della zona in questione. Le disposizioni del Piano di zonazione si applicano a tutti gli utenti della GBR. Il Piano di zonizzazione stabilisce in dettaglio due elenchi specifici di disposizioni di "uso o ingresso" per ciascuna zona; questi aiutano a determinare i tipi di attività che sono appropriati in quella particolare zona. 1. Il primo elenco indica le attività che sono consentite in quella zona ("di diritto") e che non richiedono un'autorizzazione; 2. Il secondo elenco stabilisce quali attività possono essere svolte in quella particolare zona, ma solo dopo la valutazione di un'autorizzazione e, se la domanda soddisfa tutti i requisiti necessari, l'autorizzazione è stata concessa. I regolamenti specificano il processo di valutazione e i criteri per il rilascio del permesso, che variano a seconda dell'attività proposta. Alcune zone possono anche stabilire restrizioni sui tipi di attrezzi da pesca, che forniscono anch'essi diversi livelli di protezione. Se un'attività non è elencata nei precedenti punti (1) o (2), è vietata in quella zona.