プランニングやゾーニングを行う際、プランナーがプランニングエリア全体について必要とする情報や知識をすべて入手できることは稀である。計画区域全体にわたってより一貫性のある生態学的データであれ、社会的・経済的情報の全容をより完全に理解することであれ、プランナーはしばしば次のような選択に迫られる：

1. より多くのデータが得られるまで待つ（最終的な目的は、必要なデータセットすべてにわたって「完璧な」情報を蓄積することである）。
2. 入手可能な最善の科学的知識を用いて作業し、（計画者と意思決定者が）データの欠陥を理解し、一般市民と意思決定者に明確に説明すれば、完全ではないが十分であることを受け入れる。海洋生態系に関する不十分な知識は、計画時に意味のある目標や望ましい結果を設定する妨げとなる。2002年のデビッド・スズキは、「......今日まで、私たちが実際に確認してきたのは、......全生物の10〜20％程度」であり、「......私たちは、構成要素のインベントリも、すべての構成要素がどのように相互作用するかについての青写真も、事実上役立たずであるのに、どうやって効果的な計画や管理ができるのだろうか」と疑問を投げかけている。

MarxanやSeaSketchのような意思決定支援システム（DSS）や分析ツールは、しばしば効果的な海洋空間計画の前提条件として推進され、計画問題に対する迅速かつ信頼性の高い解決策を提供する。DSSの利用者が、DSSを使えば「答え」が得られる、つまり計画問題の解決策が得られると期待するのは自然なことである。多くの場合、DSSは単純化された結果を出すので、他の計画手法を使って修正する必要があります。すべてのDSSツールには限界があり、データの欠落や不完全さを補うことはできない。意図しない副作用を生むこともあり、現実の計画問題の複雑さに対応できないことも多い。計画の成果は、社会的、文化的、経済的価値が考慮されなければ、実用的な価値はほとんどない。しかし、そのようなデータが、DSSに適した形で、あるいは適切な空間分解能で、容易に入手できることはめったにない。GBRでは、DSSはさまざまな「禁漁区」オプションの「フットプリント」を作成したが、8つのゾーンタイプには対応できなかったため、他の計画手法を適用する必要があった。しかし、本当に有益だったのは、最良の禁漁区ネットワークを開発するための指標を生成できたことである。

GBRの新たな禁漁区ネットワーク（NTZ）は、保護区設計の一般原則とGBR生態系に関す る入手可能な最善の知識を用いて策定された11の生物物理学的運用原則（「資源」 を参照）によって導かれた。これらの原則には以下が含まれる：

• 多数の小規模な保護区ではなく、少数の大規模な保護区を設定する。
• 負の影響を防ぐために、NTZを十分に複製する。
• サンゴ礁がNTZ内にある場合は、サンゴ礁全体を含める。
• 各生物域の少なくとも20％をNTZに含める。
• NTZのネットワークにおいて、沿岸と緯度方向の多様性を表現する。
• 実行可能なネットワークを形成するために、連結性などの環境情報を最大限に利用する。
• 生物物理学的に特別な場所やユニークな場所を含める。
• NTZを選定する際には、隣接する海の利用と土地利用を考慮する。

社会的、経済的、文化的、管理的実現可能性の4つの運営原則も適用された：

• NTZと人間の価値観、活動、機会を最大限に補完する；
• 社会的コストと便益を認識した上で、NTZ を最終的に選定する；
• 現在および将来の管理・保有体制を補完し、それを含む場所に NTZ を最大限配置する。
• NTZに対する国民の理解と受け入れを最大化し、NTZの施行を促進する。

ゾーンの境界線は、地理的特徴の端から指定された距離（例えば「リーフエッジから500m」）で記述されることがある。これは通常、不規則な形のゾーン境界となる。このような方法で岩礁や岩礁群を描くことは、地図上では生態学的に適切なように見えるかもしれ ないが、そのような地形の端を使ってゾーン境界を描くことは、水上で解釈するのが非常に困難で あることが分かっている。例えば、多くの岩礁は断片化されていたり、時には水没していたりするため、水上で岩礁の端を決定し、それを使って距離を推定するのは難しい。さらに、水上で500m（あるいは100m）を推定するのは容易ではない。そのため、2003年のGBRゾーニング計画では、緯度経度に基づき、度と小数で示される座標ベースのゾーン境界が導入された。この境界線は、生態学的特徴を完全に包含する（つまり、岩礁や島全体の端から十 分外側にある）。ゾーンの境界線は、ナビゲーションを容易にするため、東西南北に配置されるか、あるいは簡単に決 定できる2つの座標を結ぶ直線で構成される。直線は、「生態学的に適切」とは言い難いが、特に全地球測位システムGPSやプロッターなどの電子機器を使用する場合、沖合での位置確認や施行が容易である。

トロール漁禁止」区域は、ある活動が禁止されていることを明確に示している （すなわち、その区域ではすべてのトロール漁が禁止されている）が、他のどのような活動が許可され ているか、あるいは許可されていないかについては明確でないかもしれない。例えば、ボート、ダイビング、限定された影響での調査が許可され、また、糸漁、網漁、トローリング、スピアフィッシングのような採取活動も許可されている（つまり、漁業活動の一部であるが、全てではない）。しかし、ゾーンの目的と関連するゾーニング規定は、底引き網漁、浚渫、その他ゾーンの敏感な生息環境に損害を与える活動を明確に禁止している。ほとんどの海洋では、管理が必要な多くの既存または潜在的な海洋活動が存在するが、これらの活動の多くは補完的であり、同じゾーン内で発生する可能性がある。ゾーニングがすべての既存活動に対処するために使われるのであれば（そして海洋ゾーニングは確かにそのための重要なツールの一つである）、ゾーニングは個々の活動ごとではなく、目的ごとに行われることが望ましい。

世界のある地域では、ゾーニングは、特定の区域における特定の活動の許可または禁止にのみ基づいている。GBRでは、さまざまなゾーニングが存在し、それぞれゾーニングの目的が異なる。これらのゾーニングは、各活動が関連するゾーニングの目的を遵守していれば、さまざまな活動を許可する。ゾーニング計画の規定は、GBRのすべての利用者に適用される。ゾーニング・プランは、各ゾーンの「使用または立ち入り」に関する2つの具体的な規定を詳細に定めている。1.2つ目のリストは、その特定の区域でどのような活動を行うことができるかを規定するものであるが、許可審査が行われ、申請が必要な要件をすべて満たした場合にのみ許可が下りる。規則では、許可のための審査プロセスと基準を規定している。ゾーンによっては、漁具の種類の制限も規定されており、これによっても保護レベルが異なります。上記(1)または(2)に記載されていない活動は、そのゾーンでは禁止されている。