Enquête par drone : localisation, cartographie et inventaire des populations de plantes isolées

Les drones ont joué un rôle déterminant dans la première étape de l'évaluation de la flore des falaises. En utilisant des drones pour obtenir des points de vue uniques sur ces environnements, nous pouvons maintenant cartographier la distribution et l'abondance des espèces endémiques des falaises en danger critique d'extinction et accélérer leur conservation. Des études sur le terrain ont été menées à Hawaï, dans la République de Palau et à Madère (Portugal), avec des résultats extrêmement positifs.

Avec l'amélioration et le progrès de la technologie des drones, cette méthode d'étude est devenue accessible à un grand nombre de praticiens de la conservation. Les capteurs de caméra à haute résolution permettent d'identifier toute une série de plantes, des grands arbres aux petits organismes herbacés. Grâce à l'augmentation de la capacité des batteries, les pilotes de drones peuvent désormais espérer effectuer jusqu'à 45 minutes d'étude en un seul vol. Les améliorations apportées aux logiciels rendent les drones sûrs et efficaces pour les débutants, ce qui favorise l'adoption de cette technologie par les praticiens de la conservation. Plus important encore, les drones étant devenus plus largement disponibles, les coûts associés ont été réduits, ce qui en fait un outil extraordinaire pour toute une série d'applications.

Les drones sont des outils efficaces pour localiser et inventorier les espèces en danger critique d'extinction, en particulier dans les environnements difficiles d'accès comme les falaises ou les canopées d'arbres. L'évaluation des habitats des falaises sera essentielle pour la conservation des espèces dans ces zones, car les connaissances de base sur la présence des espèces peuvent guider les actions de conservation et aider à établir des priorités en matière de protection des paysages.

Lysimachia iniki, endémique des falaises et en danger critique d'extinction, collecté par le bras d'échantillonnage Mamba dans sa localité type à Kauai.
Enquête par drone : localisation, cartographie et inventaire des populations de plantes isolées
Collecte par drone : Utilisation d'un bras robotisé basé sur un drone pour collecter des plantes inaccessibles
Propagation des plantes : efficacité accrue grâce à des techniques de collecte améliorées
Lysimachia iniki, endémique des falaises et en danger critique d'extinction, collecté par le bras d'échantillonnage Mamba dans sa localité type à Kauai.
Enquête par drone : localisation, cartographie et inventaire des populations de plantes isolées
Collecte par drone : Utilisation d'un bras robotisé basé sur un drone pour collecter des plantes inaccessibles
Propagation des plantes : efficacité accrue grâce à des techniques de collecte améliorées
Outils pédagogiques

Les amphibiens sont plus menacés et leur déclin est plus rapide que celui des oiseaux ou des mammifères. Les populations d'amphibiens diminuent en raison de multiples facteurs, tels que le changement climatique, le champignon chytride et d'autres facteurs anthropiques comme le trafic d'espèces. Cependant, le niveau de menace pesant sur les amphibiens est sans aucun doute sous-estimé, car 1294 espèces (22,5 %) sont trop mal connues pour être évaluées, contre seulement 78 oiseaux (0,8 %)(Stuart et al., 2004).

Ce déficit de connaissances souligne l'importance vitale d'outils pédagogiques comme Ribbit pour démocratiser la recherche scientifique. En abaissant les barrières à la surveillance écologique, les applications comme Ribbit transforment les observateurs passifs en participants actifs à la conservation. Les technologies éducatives permettent aux scientifiques citoyens de contribuer directement à la compréhension et à la protection des écosystèmes vulnérables, en palliant les limites critiques de la recherche grâce à une collecte de données élargie dans des régions insuffisamment étudiées.

Ces plateformes innovantes sensibilisent le public aux défis de la biodiversité tout en offrant des voies accessibles pour l'engagement scientifique. Contrairement aux applications axées sur les oiseaux et dotées d'infrastructures de recherche bien établies, la conservation des anoures n'a pas bénéficié de plateformes complètes de science citoyenne. Ribbit comble cette lacune critique en permettant aux individus de devenir des contributeurs essentiels à la recherche sur les amphibiens, en comblant le manque de données et en soutenant les efforts de conservation à l'échelle mondiale par le biais d'une gestion collaborative de l'environnement basée sur la technologie. Il s'agit de la première application à inclure des informations sur plus de 800 espèces d'amphibiens, en quatre langues, y compris le type d'appel, la photo, les informations CITES (si les espèces font l'objet d'un trafic ou sont utilisées à des fins commerciales, ce qui répond aux objectifs 5 et 9 du FBG), le statut UICN (si les espèces sont en danger, ce qui répond à l'objectif 4 du FBG) et des informations générales sur le comportement et la reproduction de l'animal.

  • Expertise en la matière : l'un des membres de notre équipe (Juliana Gómez Consuegra) a travaillé en étroite collaboration avec d'autres experts qui effectuaient des recherches sur le champignon chytride.
  • Création d'une application web accessible : la conception intuitive de l'application web permet aux observateurs moins expérimentés de participer et d'apprendre.

Bien que l'objectif soit d'éduquer les amateurs de nature, nous voulons éviter l'augmentation du trafic d'espèces. C'est pourquoi nous avons décidé de ne pas permettre aux utilisateurs d'accéder aux données des autres. Ainsi, la localisation d'une espèce menacée ne sera pas visible par les trafiquants sur l'application. Les utilisateurs n'ont accès qu'à leurs propres données. Une fois partagées avec le GBIF, les données sont masquées, de sorte que ni l'emplacement précis de la grenouille ni celui de l'utilisateur ne seront divulgués au grand public. De cette manière, nous nous assurons que notre application est respectueuse de l'environnement.

Atténuer la perte de biodiversité

La conservation des écosystèmes est essentielle pour freiner le changement climatique et maintenir les services écosystémiques (objectif 11 du cadre stratégique mondial), qui sont étroitement liés à plus de 50 % du PIB mondial. Plus d'un million d'espèces sont menacées d'extinction au cours de ce siècle ; cependant, le choix des zones à conserver est difficile en raison du manque de données existant, qui privilégie les observations dans le Nord de la planète. L'augmentation de la quantité de données sur la biodiversité dans le Sud global est essentielle pour la conservation des espèces menacées, dont la densité est élevée dans les points chauds de la biodiversité dans le Sud global. Les amphibiens sont idéaux pour l'identification acoustique en raison de la diversité de leurs vocalisations et sont des indicateurs cruciaux des écosystèmes(Estes-Zumpf et al., 2022), avec plus de 40 % des espèces menacées d'extinction(Cañas et al., 2023). L'augmentation des données étiquetées pour les plus de 7 000 espèces d'amphibiens dans le monde permettrait d'améliorer les efforts de conservation et de réduire les lacunes en matière de connaissances dans les écosystèmes vulnérables. En utilisant une plateforme de science citoyenne pour contribuer à l'atténuation de la perte de biodiversité, nous aidons à établir une gestion environnementale locale de ces habitats critiques (GBF Target 20).

D'autres applications citoyennes ont montré le potentiel de la science citoyenne pour atténuer la perte de biodiversité. eBird, le plus grand projet de science citoyenne lié à la biodiversité, compte 100 millions d'observations d'oiseaux de la part d'utilisateurs du monde entier. Ces observations permettent de "documenter la distribution, l'abondance, l'utilisation de l'habitat et les tendances des oiseaux par le biais de listes d'espèces collectées, dans un cadre scientifique simple".(Sánchez-Clavijo et. al., 2024).

iNaturalist, une autre application de science citoyenne, qui utilise des algorithmes de vision par ordinateur pour l'identification des espèces, s'est également avérée efficace pour atténuer la perte de biodiversité. À ce jour, l'application compte plus de 200 000 000 d'observations, avec 6 millions d'observations par mois, à l'échelle mondiale. Sur iNaturalist, les observations de niveau recherche sont partagées avec le GBIF, qui à son tour utilise ces connaissances pour les décisions politiques, la recherche et le développement de la communauté(GBIF, 2023).

Actuellement, notre application identifie 71 espèces de grenouilles et de crapauds dans le monde. Bien que nombre d'entre elles soient identifiées comme peu préoccupantes (LC) par l'UICN, nous avons une espèce en danger de l'UICN, la grenouille du sud(Ranoidea raniformis). Ce manque d'espèces menacées souligne la nécessité pour divers praticiens de participer à la surveillance écologique bioacoustique. L'augmentation du nombre de données sur les espèces vulnérables peut permettre d'éclairer les décisions politiques grâce à des informations fondées sur des données. Les communautés locales et les peuples autochtones seront un atout majeur pour augmenter le nombre d'espèces incluses dans l'application, car leurs connaissances locales nous permettent de suivre des espèces dans des régions éloignées.

  • Combler les lacunes en matière de données : obtenir davantage de données de la part des scientifiques citoyens, en particulier des communautés locales et des peuples autochtones.
  • Permettre la gestion de l'environnement : accessibilité à un ensemble diversifié d'utilisateurs.

Notre objectif initial était de réduire les lacunes en matière de données dans l'hémisphère Sud. Cependant, il s'est avéré difficile d'accéder à suffisamment d'appels d'espèces rares, cryptiques et menacées dans le Sud pour entraîner notre modèle. Par conséquent, pour améliorer les performances du modèle, nous nous sommes intéressés au plus grand nombre d'espèces possible dans le monde entier. L'engagement des utilisateurs dans le monde entier conduira à un plus grand nombre d'enregistrements dans des régions pauvres en données comme le Sud, ce qui nous permettra d'entraîner à nouveau notre modèle à l'avenir avec davantage de données sur les espèces menacées, rares et cryptiques.

Cet engagement des utilisateurs s'inscrit parfaitement dans le cadre de plusieurs objectifs, dont le plus évident est l'objectif 20 du Fonds mondial pour la biodiversité : renforcer le développement des capacités, le transfert de technologies et la coopération scientifique et technique en faveur de la biodiversité. Mais d'autres objectifs sont essentiels dans ce bloc de construction : en augmentant les points de données, nous serons en mesure d'identifier les espèces exotiques envahissantes, ce qui correspond à l'objectif 6 du FBG, ainsi que de protéger les espèces sauvages du commerce illégal, en cachant leur emplacement aux utilisateurs. Cela est conforme à l'objectif 5 du FBG, qui vise à"assurer une récolte et un commerce durables, sûrs et légaux des espèces sauvages".

Science citoyenne et engagement communautaire

Il a été démontré que les applications de science citoyenne contribuent à la surveillance de la biodiversité tout en engageant les passionnés de nature(Callaghan et al., 2019). Par exemple, FrogID, une application de l'Australian Museum, permet aux utilisateurs d'enregistrer des cris de grenouilles dont l'identité est vérifiée par des validateurs humains. À ce jour, FrogID a publié des articles liés à la surveillance des espèces envahissantes(Rowley et Callaghan, 2023), à l'information des évaluations de la liste rouge de l'UICN(Gallagher et al., 2024), à l'évaluation des impacts des incendies (Mitchell et. al., 2023), à la compréhension des impacts de l'urbanisation(Callaghan et al., 2020) et à l'étude du comportement des cris de grenouilles(Liu et al., 2022). Notre objectif est d'obtenir des résultats similaires avec Ribbit, avec des espèces d'anoures du monde entier et dans un délai plus court. À ce jour, l'équipe de FrogID a un arriéré de plus de 18 000 appels, qui pourrait être considérablement réduit grâce à notre application, puisque le temps de traitement est considérablement réduit grâce à la mise en œuvre d'algorithmes d'apprentissage automatique.

Lors de la première phase de test bêta de notre application, 50 utilisateurs ont soumis des enregistrements à des fins d'identification. Leurs réactions ont été positives : les experts en la matière ont souligné que l'espèce qu'ils avaient enregistrée correspondait à celle prédite par Ribbit, et les amateurs de nature ont apprécié la fonction "Grenouille du jour" qui leur a permis de découvrir une nouvelle espèce d'anoures ou de se familiariser à nouveau avec des anoures familiers grâce au nom et à la vocalisation la plus courante de l'espèce (GBF target 11).

  • Facilité d'utilisation : en analysant les commentaires des utilisateurs, nous avons procédé à des itérations pour améliorer l'expérience utilisateur et l'accessibilité.
  • Familiarité avec les applications de science écologique citoyenne : avec FrogID, Merlin, eBird et iNaturalist comme références, nous avons imité les principales fonctionnalités des applications pour permettre aux nouveaux utilisateurs de s'initier rapidement.
  • Pour les utilisateurs qui n'ont jamais utilisé d'applications de science citoyenne, nous nous sommes efforcés de rendre l'application aussi conviviale que possible. En outre, notre section FAQ comprend des conseils sur "comment grenouiller", y compris où et quand trouver les espèces appelantes.
  • Il est difficile de trouver un équilibre entre les différents types d'utilisateurs. Alors que les scientifiques préconisaient l'utilisation des noms scientifiques, les amateurs de nature n'étaient pas attachés à ces noms et préféraient les noms communs. Toutefois, il s'est avéré difficile d'obtenir des noms communs pour toutes nos espèces dans les quatre langues. Il s'agit là d'une autre opportunité de développement : le crowdsourcing des noms communs dans le monde entier.
  • À l'avenir, nous souhaitons également créer davantage de contenu visuel, afin de guider les utilisateurs qui souhaitent utiliser l'application mais ne sont pas sûrs de la manière de le faire ; ce contenu comprend ce qu'il faut inclure dans la section des observations facultatives de l'application, comment valider si la grenouille suggérée par l'application est bien celle que l'utilisateur est en train de voir, parmi d'autres.

Démocratisation des données

L'approche de Ribbit en matière de démocratisation des données représente un processus soigneusement contrôlé de contribution scientifique à l'initiative des citoyens. En s'appuyant sur les ensembles de données publiques existants d'iNaturalist sounds et d'Anuraset, l'application établit une base solide pour la surveillance acoustique de la biodiversité. Ces ensembles de données initiaux fournissent une base complète pour la formation à l'apprentissage automatique, garantissant des modèles initiaux de haute qualité pour l'identification des anoures.

La stratégie innovante de collecte de données de l'application va au-delà de la collecte d'informations, en mettant en œuvre un processus rigoureux de contrôle de la qualité des données fournies par les utilisateurs. Chaque enregistrement soumis par un citoyen fera l'objet d'une vérification minutieuse avant d'être éventuellement versé au Fonds mondial d'information sur la biodiversité (GBIF). Cette approche transforme la collecte passive de données en un processus scientifique actif et collaboratif dans lequel les citoyens peuvent contribuer de manière significative à la recherche sur la conservation, ce qui répond à l'objectif 14 du FBG, à savoir "Intégrer la biodiversité dans la prise de décision à tous les niveaux".

Ribbit maintient des protocoles rigoureux de protection et de confidentialité des données. Reconnaissant la nature sensible des données écologiques, notamment en ce qui concerne les espèces rares et les informations de localisation précises, l'application met en œuvre des mécanismes stricts de consentement de l'utilisateur. Aucune donnée d'utilisateur ne sera partagée ou distribuée sans l'accord explicite et éclairé du contributeur, ce qui protège à la fois les sujets écologiques et la vie privée des scientifiques citoyens.

  • Technologie accessible : l'application web fonctionne sur les ordinateurs de bureau et les appareils mobiles, et les utilisateurs peuvent télécharger leurs données lorsqu'ils n'ont pas accès à l'internet.
  • Mécanismes robustes de contrôle de la qualité : évaluation avancée des enregistrements de qualité scientifique.
  • Gouvernance éthique des données : priorité à la vie privée des utilisateurs et à la sensibilité écologique.
  • Réentraînement périodique du modèle : le modèle est mis à jour tous les six mois, avec un entraînement sur de nouvelles espèces qui sont incorporées dans l'application et validées par les annotateurs.

En lançant ce projet, nous étions conscients du manque de données sur la biodiversité des anoures dans le sud du monde. Cependant, nous avons été surpris de constater qu'en essayant d'accroître l'accessibilité de notre application et d'ajouter des données qualitatives, il y avait une lacune dans la représentation linguistique. Actuellement, notre projet est disponible en quatre langues (anglais, espagnol, portugais, arabe), ce qui en accroît l'accessibilité. Nous avons utilisé l'API de Wikipedia pour obtenir des informations générales sur nos espèces dans ces quatre langues, et nous avons remarqué que si les données étaient abondantes en anglais et en arabe, les informations disponibles étaient rares en espagnol et encore plus rares en portugais. C'est pourquoi nous pensons qu'un défi futur consistera à impliquer divers scientifiques, tels que des scientifiques hispanophones et lusophones, afin de réduire le "déficit de données de Wikipédia". Combler cette lacune sera un acte crucial pour démocratiser davantage notre solution et en accroître l'accessibilité.

Rainette à bandes croisées de la Nouvelle-Grenade dormant sur une feuille dans la région colombienne du Chocó
Afrique de l'Est et du Sud
Caraïbes
Amérique centrale
Amérique du Sud
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Asie du Nord et Centrale
Asie de l'Ouest, Moyen-Orient
Asie du Sud-Est
Asie du Sud
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Europe de l’Ouest et du Sud
Europe du Nord
Europe de l’Est
Océanie
Juliana
Gómez Consuegra
Démocratisation des données
Science citoyenne et engagement communautaire
Atténuer la perte de biodiversité
Outils pédagogiques
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Mise en place d'un système de communication IoT par satellite

Les processus et incidents écologiques pertinents qui intéressent la recherche sur les changements environnementaux se produisent généralement dans des régions éloignées, hors de portée des infrastructures de communication terrestres. Les données générées sur le terrain à l'aide de balises animales dans ces régions ne peuvent souvent être transmises qu'avec un retard de plusieurs jours, voire de plusieurs semaines. Pour remédier à ce retard et garantir l'efficacité du système d'alerte précoce, GAIA développe un module de communication par satellite pour les balises ainsi qu'un nanosatellite fonctionnant en orbite terrestre basse (LEO) : Afin de pouvoir transmettre les données et les informations collectées directement du nœud de transmission au satellite LEO (Low Earth Orbit), un module radio IoT par satellite très performant sera intégré dans les nouvelles étiquettes. Cela garantit une transmission immédiate, sécurisée et économe en énergie des données extraites. Le système de communication est basé sur la technologie terrestre mioty® et sera adapté aux bandes de fréquences typiques des satellites, telles que les bandes L et S, pour le projet. Les protocoles de communication typiques, qui sont parfois utilisés dans le secteur de l'IdO, sont généralement conçus pour des paquets de petite taille. Le développement ultérieur du système mioty® visera donc également à augmenter le débit de données et la taille des messages pour permettre des scénarios d'application tels que les transmissions d'images.

Le système IoT par satellite sera essentiel pour une communication sans délai et donc pour un système d'alerte précoce. Il contribue grandement à ce que le système GAIA atteigne l'objectif 4 du GBF, à savoir "stopper l'extinction, protéger la diversité génétique et gérer les conflits entre l'homme et la faune".

Une part importante de la recherche et du développement de GAIA a été financée par l'Agence spatiale allemande (DLR). Celle-ci a non seulement fourni des budgets pour le développement des modules de communication mioty® dans les balises et les premiers modules et concepts des nanosatellites, mais aussi l'accès à un écosystème de parties prenantes dans le domaine des technologies spatiales. La start-up Rapidcubes est devenue un partenaire clé de l'initiative pour le développement du satellite et les plans pour les phases ultérieures du projet prévoient une collaboration avec les infrastructures existantes du DLR, telles que le satellite Heinrich Hertz.

L'adaptation des protocoles terrestres mioty® pour la communication par satellite a été couronnée de succès. Avec Ariane 6, un nanosatellite expérimental a été lancé sur une orbite terrestre basse en juillet 2024. Depuis, les protocoles de communication sont testés et affinés en vue d'une application future au système d'alerte précoce GAIA.