Seperti halnya dengan semua ISTAP, langkah-langkah telah disiapkan untuk memastikan WGWAP memiliki tujuan yang jelas, memberikan hasil yang berkualitas tinggi dan tepat waktu serta dikelola dengan cara yang konsisten dengan kebijakan dan prosedur IUCN. Struktur manajemen proyek mendefinisikan peran dan tanggung jawab manajer proyek dan anggota staf atau unit IUCN lainnya. Ketua panel bertanggung jawab untuk mengelola anggota panel, yang melaporkan isu-isu ilmiah dan teknis. Semua anggota panel, termasuk ketua, melapor kepada IUCN dan memiliki kerangka acuan masing-masing.
Terdapat sistem pemantauan rutin untuk memverifikasi bahwa panel beroperasi sesuai dengan prinsip-prinsip ISTAP, bahwa panel memberikan keluaran yang telah disepakati sesuai dengan kerangka acuan dan rencana kerja, dan bahwa rencana pelibatan pemangku kepentingan serta strategi komunikasi diikuti. Berdasarkan rencana kerja, anggaran tahunan disusun oleh manajer proyek dan, jika disyaratkan dalam kontrak, diserahkan untuk ditandatangani oleh pihak yang membuat kontrak.
ISTAP didukung oleh mekanisme pengaduan untuk menjamin bahwa pengaduan yang diterima akan ditangani dengan cara yang paling transparan, adil, dan tepat waktu.
Manajer proyek bekerja sama dengan tim monitoring dan evaluasi IUCN untuk memverifikasi integritas proses panel dan keluarannya, dan untuk menilai dampak keseluruhan dari panel dan potensi penerapan yang lebih luas dari rekomendasinya.
Dengan membangun sistem pemantauan dan evaluasi, IUCN mampu menjaga akuntabilitas panel dan perusahaan. Sebagai contoh, pada saat peluncuran laporan WGWAP Stories of Influence pada tahun 2016, dilaporkan bahwa dari lebih dari 539 rekomendasi panel kepada Sakhalin Energy dan pihak-pihak lain, 90% telah dilaksanakan atau digantikan oleh saran berikutnya.