Comme pour tous les ISTAP, des mesures sont en place pour s'assurer que le WGWAP a un objectif clair, qu'il fournit des résultats de haute qualité dans les délais impartis et qu'il est géré de manière cohérente avec les politiques et procédures de l'UICN. Une structure de gestion de projet définit le rôle et les responsabilités du chef de projet et des autres membres du personnel ou des unités de l'UICN. Le président du groupe d'experts est responsable de la gestion des membres du groupe, qui rendent compte des questions scientifiques et techniques. Tous les membres du groupe, y compris le président, rendent compte à l'UICN et ont leur propre mandat.

Il existe un système de contrôle régulier pour vérifier que le groupe fonctionne en pleine conformité avec les principes de l'ISTAP, qu'il fournit les résultats convenus conformément au mandat et au plan de travail, et que le plan d'engagement des parties prenantes et la stratégie de communication sont respectés. Sur la base du plan de travail, des budgets annuels sont élaborés par le gestionnaire de projet et, si le contrat l'exige, soumis à l'approbation de la partie contractante.