Como em todos os ISTAPs, existem medidas para garantir que o WGWAP tenha um objetivo claro, forneça resultados de alta qualidade dentro do prazo e seja gerenciado de forma consistente com as políticas e os procedimentos da IUCN. Uma estrutura de gerenciamento de projeto define a função e as responsabilidades do gerente de projeto e de outros membros da equipe ou unidades da IUCN. O presidente do painel é responsável por gerenciar os membros do painel, que apresentam relatórios sobre questões científicas e técnicas. Todos os membros do painel, inclusive o presidente, se reportam à IUCN e têm seus próprios termos de referência.
Há um sistema de monitoramento regular para verificar se o painel está operando em total conformidade com os princípios do ISTAP, se fornece os resultados acordados de acordo com os termos de referência e o plano de trabalho e se o plano de envolvimento das partes interessadas e a estratégia de comunicação são seguidos. Com base no plano de trabalho, os orçamentos anuais são desenvolvidos pelo gerente de projeto e, se exigido pelo contrato, enviados para aprovação da parte contratante.
Os ISTAPs são apoiados por um mecanismo de reclamação para garantir que as reclamações recebidas sejam tratadas da maneira mais transparente, justa e oportuna possível.
O gerente de projeto trabalha com a equipe de monitoramento e avaliação da IUCN para verificar a integridade do processo do painel e seus resultados, bem como para avaliar os impactos gerais do painel e o potencial de adoção mais ampla de suas recomendações.
Ao estabelecer um sistema de monitoramento e avaliação, a IUCN conseguiu proteger a responsabilidade tanto do painel quanto da empresa. Por exemplo, no lançamento do relatório WGWAP Stories of Influence (Histórias de Influência do WGWAP) em 2016, foi relatado que, das mais de 539 recomendações do painel para a Sakhalin Energy e outras partes, 90% foram implementadas ou substituídas por recomendações posteriores.