Wie bei allen ISTAPs gibt es Maßnahmen, die sicherstellen, dass das WGWAP einen klaren Zweck verfolgt, fristgerecht hochwertige Ergebnisse liefert und in einer Weise verwaltet wird, die mit den Richtlinien und Verfahren der IUCN übereinstimmt. Eine Projektmanagementstruktur definiert die Rolle und die Verantwortlichkeiten des Projektmanagers und anderer IUCN-Mitarbeiter oder -Einheiten. Der Vorsitzende des Gremiums ist für die Leitung der Gremiumsmitglieder verantwortlich, die über wissenschaftliche und technische Fragen berichten. Alle Mitglieder des Gremiums, einschließlich des Vorsitzenden, sind der IUCN unterstellt und haben ihr eigenes Mandat.
Es gibt ein regelmäßiges Überwachungssystem, mit dem überprüft wird, ob das Gremium in voller Übereinstimmung mit den ISTAP-Grundsätzen arbeitet, ob es die vereinbarten Ergebnisse gemäß der Aufgabenstellung und dem Arbeitsplan liefert und ob der Plan zur Einbeziehung der Interessengruppen und die Kommunikationsstrategie eingehalten werden. Auf der Grundlage des Arbeitsplans werden vom Projektleiter jährliche Budgets erstellt und, falls im Vertrag vorgesehen, dem Vertragspartner zur Genehmigung vorgelegt.
Die ISTAPs werden durch einen Beschwerdemechanismus unterstützt, der gewährleistet, dass eingehende Beschwerden auf möglichst transparente, faire und zeitnahe Weise behandelt werden.
Der Projektleiter arbeitet mit dem Überwachungs- und Bewertungsteam der IUCN zusammen, um die Integrität des Gremiums und seiner Ergebnisse zu überprüfen und die Gesamtauswirkungen des Gremiums sowie das Potenzial für eine breitere Übernahme seiner Empfehlungen zu bewerten.
Durch die Einrichtung eines Überwachungs- und Bewertungssystems konnte die IUCN die Rechenschaftspflicht sowohl des Gremiums als auch des Unternehmens sicherstellen. Bei der Vorstellung des WGWAP-Berichts "Stories of Influence" im Jahr 2016 wurde beispielsweise berichtet, dass von den mehr als 539 Empfehlungen des Gremiums an Sachalin Energy und andere Parteien 90 % umgesetzt oder durch spätere Empfehlungen ersetzt wurden.