وكما هو الحال مع جميع برامج العمل المتكاملة للعلم والتكنولوجيا والابتكار، تم وضع تدابير لضمان أن يكون لبرنامج العمل العالمي لحماية البيئة البحرية غرضاً واضحاً، وأن يقدم مخرجات عالية الجودة في الوقت المحدد، وأن تتم إدارته بطريقة تتسق مع سياسات وإجراءات الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة والموارد الطبيعية. ويحدد هيكل إدارة المشروع دور ومسؤوليات مدير المشروع وغيره من موظفي أو وحدات الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة والموارد الطبيعية. ويكون رئيس الفريق مسؤولاً عن إدارة أعضاء الفريق الذين يقدمون تقاريرهم بشأن القضايا العلمية والتقنية. ويرفع جميع أعضاء الفريق، بما في ذلك الرئيس، تقاريرهم إلى الاتحاد الدولي لحفظ الطبيعة والموارد الطبيعية، ولهم اختصاصاتهم الخاصة.

ويوجد نظام رصد منتظم للتحقق من أن الفريق يعمل بما يتوافق تماماً مع مبادئ الفريق الدولي للعلوم والتكنولوجيا والابتكار، وأنه يقدم المخرجات المتفق عليها وفقاً للاختصاصات وخطة العمل، وأنه يتم اتباع خطة إشراك أصحاب المصلحة واستراتيجية الاتصالات. واستناداً إلى خطة العمل، يقوم مدير المشروع بوضع الميزانيات السنوية وتقديمها إلى الطرف المتعاقد للتوقيع عليها إذا كان ذلك مطلوباً بموجب العقد.