Come per tutti gli ISTAP, sono state adottate misure per garantire che il WGWAP abbia uno scopo chiaro, fornisca risultati di alta qualità nei tempi previsti e sia gestito in modo coerente con le politiche e le procedure dell'IUCN. Una struttura di gestione del progetto definisce il ruolo e le responsabilità del project manager e di altri membri del personale o unità dell'IUCN. Il presidente del gruppo di esperti è responsabile della gestione dei membri del gruppo, che riferiscono su questioni scientifiche e tecniche. Tutti i membri del panel, compreso il presidente, riferiscono all'IUCN e hanno un proprio mandato.
Esiste un sistema di monitoraggio regolare per verificare che il gruppo operi in piena conformità con i principi dell'ISTAP, che produca i risultati concordati in base ai termini di riferimento e al piano di lavoro e che vengano seguiti il piano di coinvolgimento delle parti interessate e la strategia di comunicazione. Sulla base del piano di lavoro, il project manager elabora i bilanci annuali e, se richiesto dal contratto, li sottopone all'approvazione della parte contraente.
Gli ISTAP sono supportati da un meccanismo di reclamo per garantire che i reclami ricevuti siano affrontati nel modo più trasparente, equo e tempestivo possibile.
Il responsabile del progetto collabora con il team di monitoraggio e valutazione dell'IUCN per verificare l'integrità del processo del gruppo di esperti e dei suoi risultati, nonché per valutare l'impatto complessivo del gruppo di esperti e il potenziale per una più ampia adozione delle sue raccomandazioni.
Istituendo un sistema di monitoraggio e valutazione, l'IUCN è stata in grado di salvaguardare la responsabilità sia del gruppo di esperti che dell'azienda. Ad esempio, in occasione del lancio del rapporto WGWAP Stories of Influence nel 2016, è stato riportato che delle oltre 539 raccomandazioni del gruppo di esperti a Sakhalin Energy e ad altre parti, il 90% era stato attuato o sostituito da pareri successivi.