すべてのISTAPと同様に、WGWAPが明確な目的を持ち、期限内に質の高い成果物を提供し、IUCNの方針と手続きに沿った方法で管理されるよう、対策が講じられている。プロジェクト管理体制は、プロジェクトマネージャーとその他のIUCNスタッフまたはユニットの役割と責任を定義している。パネル委員長は、科学的・技術的問題について報告するパネル委員を管理する責任を負う。委員長を含むすべてのパネルメンバーはIUCNに報告し、それぞれの職務権限を持っている。

パネルがISTAPの原則に完全に則って運営されていること、職務権限と作業計画に従って合意された成果を出していること、ステークホルダー参画計画とコミュニケーション戦略に従っていることを確認するための定期的な監視システムがある。作業計画に基づき、年間予算がプロジェクト・マネージャーによって作成され、契約上必要な場合は、契約当事者への承認のために提出される。