Como ocurre con todos los ISTAP, se han tomado medidas para garantizar que el WGWAP tenga un objetivo claro, ofrezca resultados de alta calidad a tiempo y se gestione de forma coherente con las políticas y procedimientos de la UICN. Una estructura de gestión del proyecto define el papel y las responsabilidades del director del proyecto y de otros miembros del personal o unidades de la UICN. El presidente del panel es responsable de la gestión de los miembros del panel, que informan sobre cuestiones científicas y técnicas. Todos los miembros del panel, incluido el presidente, dependen de la UICN y tienen su propio mandato.
Existe un sistema de supervisión periódica para verificar que el panel funciona de plena conformidad con los principios de la ISTAP, que ofrece los resultados acordados según los términos de referencia y el plan de trabajo, y que se siguen el plan de participación de las partes interesadas y la estrategia de comunicación. Sobre la base del plan de trabajo, el gestor del proyecto elabora presupuestos anuales que, si así lo exige el contrato, se presentan a la parte contratante para su aprobación.
Los ISTAP se apoyan en un mecanismo de reclamación para garantizar que las quejas recibidas se atienden de la manera más transparente, justa y oportuna.
El director del proyecto trabaja con el equipo de seguimiento y evaluación de la UICN para verificar la integridad del proceso del panel y sus resultados, así como para evaluar las repercusiones generales del panel y el potencial de una mayor asimilación de sus recomendaciones.
Mediante el establecimiento de un sistema de seguimiento y evaluación, la UICN ha podido salvaguardar la rendición de cuentas tanto del panel como de la empresa. Por ejemplo, en el lanzamiento del informe Historias de influencia del GTAP en 2016, se informó de que de las más de 539 recomendaciones del panel a Sakhalin Energy y otras partes, el 90% se habían aplicado o sustituido por asesoramiento posterior.