Pengumuman Tantangan Mikronesia pada tahun 2006 merupakan puncak dari upaya puluhan tahun yang dilakukan oleh masyarakat dan organisasi di Mikronesia untuk meningkatkan kesadaran dan memperkuat kapasitas di wilayah ini untuk melestarikan dan mengelola sumber daya alam secara berkelanjutan. Pada awal tahun 2006, Kepala Eksekutif dari masing-masing yurisdiksi menandatangani Tantangan Mikronesia dan mempresentasikannya kepada masyarakat internasional pada acara tingkat tinggi di Konferensi Para Pihak ke-8 (COP8) Konvensi Keanekaragaman Hayati (CBD) PBB pada bulan Maret 2006 di Brasil. Kerja keras selama beberapa dekade yang dikombinasikan dengan waktu dan publisitas yang tepat pada COP8 menciptakan momen ketika para pemimpin politik saling menantang satu sama lain untuk membuat komitmen yang ambisius ini. Komitmen ini jauh lebih ambisius dibandingkan dengan Target Aichi yang akan dilaksanakan pada tahun 2011 (17% di darat dan 10% di laut pada tahun 2020). Fakta bahwa para pemimpin politik di tingkat tertinggi dan di seluruh wilayah berkomitmen terhadap target ini menjadi katalisator bagi implementasi lokal dan pendanaan internasional untuk konservasi di Mikronesia. Sekarang Tantangan Mikronesia telah menjadi lembaga yang mapan, diarusutamakan ke dalam prioritas pemerintah dan bertahan dari pergantian pemerintahan di setiap lima yurisdiksi yang berpartisipasi.

Ketika melakukan tugas perencanaan atau zonasi, jarang sekali seorang perencana memiliki akses ke semua informasi atau pengetahuan yang mereka inginkan untuk seluruh wilayah perencanaan. Entah itu data ekologi yang lebih konsisten di seluruh wilayah perencanaan atau pemahaman yang lebih lengkap mengenai berbagai informasi sosial dan ekonomi, seorang perencana sering dihadapkan pada pilihan-pilihan berikut:

1. Menunggu hingga mereka memiliki lebih banyak data (dengan tujuan akhir untuk mengumpulkan informasi yang 'sempurna' di seluruh kumpulan data yang dibutuhkan); atau
2. Bekerja dengan pengetahuan ilmiah terbaik yang tersedia dan menerima bahwa meskipun tidak sempurna, data tersebut cukup memadai asalkan kekurangan data tersebut dipahami (oleh perencana dan pengambil keputusan) dan dijelaskan dengan jelas kepada publik dan pengambil keputusan. Pengetahuan yang tidak memadai tentang ekosistem laut dapat menghambat penetapan tujuan yang berarti atau hasil yang diinginkan saat perencanaan. David Suzuki pada tahun 2002 mempertanyakan bagaimana kita dapat merencanakan dan mengelola secara efektif ketika "... sampai saat ini yang benar-benar kita identifikasi adalah ... sekitar 10-20% dari semua makhluk hidup", dan "... kita memiliki inventaris konstituen yang buruk dan cetak biru yang hampir tidak berguna tentang bagaimana semua komponen berinteraksi?

Batas zona dapat digambarkan sebagai jarak tertentu dari tepi fitur geografis (misalnya, '500 m dari tepi terumbu'). Hal ini biasanya menghasilkan batas zona yang tidak teratur. Menggambarkan terumbu atau sekelompok terumbu dengan cara ini mungkin terlihat sesuai secara ekologis di peta, tetapi menggunakan tepi fitur tersebut untuk menggambar batas zona terbukti sangat sulit untuk ditafsirkan di air. Sebagai contoh, banyak bagian terumbu terfragmentasi atau kadang-kadang terendam, sehingga sulit di air untuk menentukan tepi terumbu, dan kemudian menggunakannya untuk memperkirakan jarak. Selain itu, tidak mudah untuk memperkirakan 500 m (atau bahkan 100 m) di atas air. Oleh karena itu, batas-batas zona berbasis koordinat, berdasarkan garis bujur/lintang dan ditunjukkan dalam derajat dan menit desimal diperkenalkan dalam Rencana Zonasi GBR 2003. Ini sepenuhnya mencakup fitur ekologis (yaitu jauh di luar tepi seluruh terumbu/pulau). Batas-batas zona diorientasikan ke utara, selatan, timur dan barat untuk memudahkan navigasi atau terdiri dari garis lurus antara dua koordinat yang mudah ditentukan. Garis lurus terlihat kurang 'sesuai secara ekologis', tetapi lebih mudah ditemukan dan ditegakkan di daerah lepas pantai, terutama jika menggunakan perangkat elektronik, misalnya sistem pemosisian global GPS atau plotter.

Perbedaan antara zonasi berdasarkan tujuan dan zonasi berdasarkan aktivitas paling baik dijelaskan dengan contoh; zona 'tanpa pukat' mungkin menunjukkan dengan jelas satu aktivitas yang dilarang (yaitu semua pukat dilarang di zona itu), tetapi mungkin tidak jelas tentang aktivitas lain yang mungkin diizinkan atau tidak diizinkan. Tujuan Zona Perlindungan Habitat memungkinkan berbagai kegiatan yang memiliki dampak (relatif) minimal terhadap habitat bentik terjadi di dalam zona tersebut; misalnya, berperahu, menyelam, dan penelitian dengan dampak terbatas diperbolehkan, serta mengizinkan beberapa kegiatan ekstraktif seperti pancing, menjaring, memancing, dan memancing dengan tombak (yaitu, beberapa tetapi tidak semua, kegiatan penangkapan ikan). Namun, tujuan zona dan ketentuan zonasi terkait dengan jelas melarang pukat dasar, pengerukan, atau aktivitas lain yang merusak habitat sensitif di zona tersebut. Di sebagian besar lautan, ada banyak kegiatan laut yang ada atau potensial yang perlu dikelola, tetapi banyak dari kegiatan ini saling melengkapi dan dapat terjadi di dalam zona yang sama; jika zonasi digunakan untuk menangani semua kegiatan yang ada (dan zonasi laut tentu saja merupakan salah satu alat penting untuk melakukannya), maka lebih baik zonasi dibuat berdasarkan tujuan daripada berdasarkan masing-masing kegiatan.

Di beberapa bagian dunia, zonasi hanya didasarkan pada mengizinkan, atau melarang, kegiatan tertentu di area tertentu. Di GBR terdapat spektrum zona, masing-masing dengan tujuan zona yang berbeda; zona-zona ini memungkinkan berbagai kegiatan terjadi asalkan setiap kegiatan sesuai dengan tujuan zona yang relevan. Ketentuan-ketentuan dalam Rencana Zonasi berlaku untuk semua pengguna di GBR. Rencana Zonasi menetapkan secara rinci dua daftar ketentuan 'penggunaan atau masuk' khusus untuk setiap zona; ini membantu menentukan jenis kegiatan yang sesuai di zona tertentu. 1. Daftar pertama menunjukkan kegiatan yang diizinkan untuk dilakukan di zona tersebut ('sesuai dengan haknya') dan yang tidak memerlukan izin; 2. Daftar kedua menetapkan kegiatan apa saja yang boleh dilakukan di zona tertentu tetapi hanya setelah izin dinilai dan, jika permohonan memenuhi semua persyaratan yang diperlukan, izin akan diberikan. Peraturan-peraturan tersebut menetapkan proses penilaian dan kriteria untuk sebuah izin; hal ini bervariasi tergantung pada kegiatan yang diajukan. Beberapa zona juga dapat menetapkan pembatasan jenis alat tangkap yang juga memberikan tingkat perlindungan yang berbeda. Jika suatu kegiatan tidak tercantum dalam (1) atau (2) di atas, maka kegiatan tersebut dilarang di zona tersebut.