El Desafío de Micronesia abarca 5 jurisdicciones, miles de islas y más de 650.000 personas que hablan 12 lenguas diferentes. Muchos socios clave (enumerados más arriba) colaboran en el Desafío de Micronesia para apoyar y poner en práctica un compromiso conjunto en toda la región. Utilizar la identidad regional y cultural compartida de ser micronesio ha sido una forma poderosa de crear asociaciones duraderas entre las organizaciones locales y de base para compartir las lecciones aprendidas y sentir una causa común. Además, el compromiso fiable y firme de los máximos dirigentes políticos atrae a los socios internacionales a invertir tiempo y recursos en la creación de nuevas relaciones, porque los inversores y socios saben que la conservación cuenta con el pleno apoyo de los dirigentes políticos.

El anuncio del Desafío de Micronesia en 2006 fue la culminación de décadas de trabajo de los habitantes y las organizaciones de Micronesia para concienciar y reforzar la capacidad de toda esta región para conservar y gestionar de forma sostenible los recursos naturales. A principios de 2006, los Jefes Ejecutivos de cada una de las jurisdicciones firmaron el Desafío de Micronesia y lo presentaron a la comunidad internacional en un acto de alto nivel celebrado en la 8ª Conferencia de las Partes (COP8) del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CDB) de la ONU en marzo de 2006 en Brasil. Las décadas de trabajo preliminar, combinadas con el momento oportuno y la publicidad en la COP8, crearon un momento en el que los líderes políticos se retaron mutuamente a asumir este ambicioso compromiso. Eran mucho más ambiciosos incluso que las Metas de Aichi que seguirían en 2011 (17% terrestre y 10% marino para 2020). El hecho de que los líderes políticos al más alto nivel y de toda la región se comprometieran con este objetivo cataliza tanto la aplicación local como la financiación internacional para la conservación en Micronesia. Ahora el Desafío de Micronesia se ha convertido en una institución consolidada, integrada en las prioridades gubernamentales y que sobrevive a la rotación en las administraciones de cada una de las cinco jurisdicciones participantes.

Al emprender una tarea de planificación o zonificación, rara vez un planificador tiene acceso a toda la información o conocimientos que desearía para toda el área de planificación. Ya se trate de datos ecológicos más coherentes en toda el área de planificación o de una comprensión más completa de toda la información social y económica, un planificador se enfrenta a menudo a las siguientes opciones:

1. Esperar a disponer de más datos (con el objetivo último de acumular información "perfecta" en todos los conjuntos de datos necesarios); o bien
2. Trabajar con los mejores conocimientos científicos disponibles y aceptar que, aunque no son perfectos, son adecuados siempre que se comprendan las deficiencias de los datos (por parte de los planificadores y los responsables de la toma de decisiones) y se expliquen claramente al público y a los responsables de la toma de decisiones. Un conocimiento insuficiente de los ecosistemas marinos puede impedir fijar objetivos significativos o resultados deseables a la hora de planificar. David Suzuki se preguntaba en 2002 cómo podemos planificar y gestionar eficazmente cuando "... hasta la fecha todo lo que realmente hemos identificado es... alrededor del 10-20% de todos los seres vivos", y "... tenemos un inventario tan pobre de los constituyentes y un plano prácticamente inútil de cómo interactúan todos los componentes...".

Los límites de zona pueden describirse a una distancia determinada del borde de un accidente geográfico (por ejemplo, "500 m del borde del arrecife"). El resultado suele ser un límite de zona de forma irregular. Representar un arrecife o un grupo de arrecifes de esta manera puede parecer ecológicamente apropiado en un mapa, pero utilizar el borde de esos accidentes para trazar los límites de la zona ha demostrado ser muy difícil de interpretar en el agua. Por ejemplo, muchas partes de los arrecifes están fragmentadas o a veces sumergidas, por lo que es difícil determinar en el agua el borde del arrecife y utilizarlo para estimar una distancia. Además, no es fácil calcular 500 m (ni siquiera 100 m) sobre el agua. Por ello, en el Plan de Zonificación de la GBR de 2003 se introdujeron límites zonales basados en coordenadas, en longitud/latitud y expresados en grados y minutos decimales. Dichos límites abarcan todas las características ecológicas (es decir, quedan fuera de los límites de los arrecifes y las islas). Los límites de las zonas están orientados al norte, sur, este y oeste para facilitar la navegación o comprenden líneas rectas entre dos coordenadas fáciles de determinar. Las líneas rectas parecen menos "apropiadas desde el punto de vista ecológico", pero son más fáciles de localizar y aplicar en zonas de alta mar, sobre todo si se utilizan dispositivos electrónicos como, por ejemplo, un sistema de posicionamiento global GPS o un plotter.

La diferencia entre la zonificación por objetivos y la zonificación por actividades se explica mejor con un ejemplo: una zona de "prohibición de la pesca de arrastre" puede indicar claramente que una actividad está prohibida (es decir, toda la pesca de arrastre está prohibida en esa zona), pero puede no estar claro qué otras actividades pueden estar permitidas o no. El objetivo de la Zona de Protección de Hábitats permite realizar en ella una serie de actividades que tienen un impacto (relativamente) mínimo en los hábitats bentónicos; por ejemplo, se permite la navegación, el buceo y la investigación de impacto limitado, así como algunas actividades extractivas como la pesca con sedal, la pesca con red, la pesca con curricán y la pesca submarina (es decir, algunas actividades pesqueras, pero no todas). Sin embargo, el objetivo de la zona y las disposiciones de zonificación relacionadas prohíben claramente la pesca de arrastre de fondo, el dragado o cualquier otra actividad perjudicial para los hábitats sensibles de esa zona. En la mayoría de los océanos hay muchas actividades marinas existentes o potenciales que necesitan ser gestionadas, pero muchas de estas actividades son complementarias y pueden darse dentro de la misma zona; si la zonificación se utiliza para abordar todas las actividades existentes (y la zonificación oceánica es sin duda una herramienta importante para hacerlo), entonces es preferible que la zonificación sea por objetivos en lugar de por cada actividad individual.

En algunas partes del mundo, la zonificación se basa únicamente en permitir o prohibir determinadas actividades en áreas específicas. En la GBR existe un espectro de zonas, cada una de ellas con diferentes objetivos; estas zonas permiten la realización de una serie de actividades siempre que cada una de ellas cumpla el objetivo de zona correspondiente. Las disposiciones del Plan de Zonificación se aplican a todos los usuarios de la GBR. El Plan de Zonificación establece en detalle dos listas específicas de disposiciones de "uso o entrada" para cada zona; éstas ayudan a determinar los tipos de actividades que son apropiadas en esa zona en particular. 1. La primera lista indica las actividades que están permitidas en esa zona ("de pleno derecho") y que no requieren permiso; 2. La segunda lista estipula qué actividades pueden realizarse en esa zona concreta, pero sólo después de que se haya evaluado la solicitud de permiso y, si la solicitud cumple todos los requisitos necesarios, se haya concedido el permiso. La normativa especifica el proceso de evaluación y los criterios para obtener un permiso, que varían en función de la actividad propuesta. Algunas zonas también pueden estipular restricciones sobre los tipos de artes de pesca, lo que también proporciona distintos niveles de protección. Si una actividad no figura en los puntos 1 y 2, está prohibida en esa zona.