Die Ankündigung der Micronesia Challenge im Jahr 2006 war der Höhepunkt jahrzehntelanger Arbeit von Menschen und Organisationen in Mikronesien, um das Bewusstsein zu schärfen und die Kapazitäten in dieser Region zu stärken, um natürliche Ressourcen zu erhalten und nachhaltig zu bewirtschaften. Anfang 2006 unterzeichneten die Chief Executives aller Gerichtsbarkeiten die Micronesia Challenge und stellten sie der internationalen Gemeinschaft bei einer hochrangigen Veranstaltung auf der 8. Konferenz der Vertragsparteien (COP8) des UN-Übereinkommens über die biologische Vielfalt (CBD) im März 2006 in Brasilien vor. Die jahrzehntelange Vorarbeit in Kombination mit dem richtigen Timing und der Öffentlichkeitsarbeit auf der COP8 schuf einen Moment, in dem sich die politischen Führer gegenseitig herausforderten, diese ehrgeizige Verpflichtung einzugehen. Sie waren weitaus ehrgeiziger als die Aichi-Ziele, die 2011 folgen sollten (17 % terrestrische und 10 % marine Arten bis 2020). Die Tatsache, dass sich politische Führer auf höchster Ebene und in der gesamten Region zu diesem Ziel verpflichtet haben, hat sowohl die lokale Umsetzung als auch die internationale Finanzierung des Naturschutzes in Mikronesien gefördert. Inzwischen ist die Micronesia Challenge zu einer etablierten Institution geworden, die in den Prioritäten der Regierungen verankert ist und in den Verwaltungen aller fünf teilnehmenden Länder überlebt hat.

Bei der Durchführung einer Planungs- oder Flächennutzungsaufgabe hat ein Planer selten Zugang zu allen Informationen oder Kenntnissen, die er sich für das gesamte Planungsgebiet wünscht. Ob es sich nun um konsistentere ökologische Daten für das gesamte Planungsgebiet handelt oder um ein umfassenderes Verständnis des gesamten Spektrums an sozialen und wirtschaftlichen Informationen, ein Planer steht oft vor folgenden Entscheidungen

1. Abwarten, bis mehr Daten vorliegen (mit dem letztendlichen Ziel, "perfekte" Informationen über alle erforderlichen Datensätze zu sammeln); oder
2. Mit den besten verfügbaren wissenschaftlichen Erkenntnissen zu arbeiten und zu akzeptieren, dass diese zwar nicht perfekt, aber ausreichend sind, sofern die Unzulänglichkeiten der Daten (von den Planern und den Entscheidungsträgern) verstanden und der Öffentlichkeit und den Entscheidungsträgern klar erläutert werden. Unzureichende Kenntnisse über Meeresökosysteme können die Festlegung sinnvoller Ziele oder wünschenswerter Ergebnisse bei der Planung behindern. David Suzuki warf 2002 die Frage auf, wie wir effektiv planen und wirtschaften können, wenn "... wir bisher nur ... etwa 10-20 % aller Lebewesen identifiziert haben" und "... wir eine so dürftige Bestandsaufnahme der Bestandteile und einen praktisch nutzlosen Plan haben, wie alle Komponenten zusammenwirken?

Die Zonengrenzen können in einer bestimmten Entfernung vom Rand eines geografischen Merkmals beschrieben werden (z. B. "500 m von der Riffkante"). Dies führt normalerweise zu einer unregelmäßig geformten Zonengrenze. Die Darstellung eines Riffs oder einer Gruppe von Riffen auf diese Weise mag auf einer Karte ökologisch sinnvoll erscheinen, aber die Verwendung der Kante solcher Merkmale zum Zeichnen von Zonengrenzen hat sich auf dem Wasser als sehr schwierig erwiesen. So sind beispielsweise viele Riffteile fragmentiert oder teilweise unter Wasser, so dass es auf dem Wasser schwierig ist, die Riffkante zu bestimmen und auf dieser Grundlage eine Entfernungsschätzung vorzunehmen. Außerdem ist es nicht einfach, 500 m (oder sogar 100 m) auf dem Wasser zu schätzen. Daher wurden im GBR-Zonenplan von 2003 koordinatenbasierte Zonengrenzen eingeführt, die auf Längen- und Breitengraden basieren und in Grad und Dezimalminuten angegeben werden. Diese umfassen die ökologischen Merkmale vollständig (d. h. weit über die Ränder ganzer Riffe/Inseln hinaus). Die Zonengrenzen sind der Einfachheit halber nach Norden, Süden, Osten und Westen ausgerichtet oder bestehen aus geraden Linien zwischen zwei leicht zu bestimmenden Koordinaten. Gerade Linien sehen weniger "ökologisch sinnvoll" aus, sind aber in küstennahen Gebieten leichter zu lokalisieren und durchzusetzen, insbesondere wenn elektronische Geräte wie GPS oder Plotter verwendet werden.

Der Unterschied zwischen der Einteilung in Zonen nach Zielen und der Einteilung in Zonen nach Aktivitäten lässt sich am besten anhand eines Beispiels erläutern; eine "Schleppnetzverbot"-Zone kann eindeutig auf ein Verbot einer Aktivität hinweisen (d. h. jegliche Schleppnetzfischerei ist in dieser Zone verboten), aber es ist möglicherweise nicht klar, welche anderen Aktivitäten erlaubt oder nicht erlaubt sind. Das Ziel der Habitat-Schutzzone ermöglicht eine Reihe von Aktivitäten, die (relativ) minimale Auswirkungen auf den/die benthischen Lebensraum(e) haben, in dieser Zone; beispielsweise sind Bootsfahrten, Tauchen und begrenzte Forschungsarbeiten erlaubt, ebenso wie einige extraktive Aktivitäten wie Leinenfischerei, Netzfischerei, Schleppnetzfischerei und Speerfischerei (d. h. einige, aber nicht alle, Fischereiaktivitäten). Das Zonenziel und die damit zusammenhängenden Bestimmungen über die Zoneneinteilung verbieten jedoch eindeutig die Grundschleppnetzfischerei, das Ausbaggern oder jede andere Tätigkeit, die den empfindlichen Lebensräumen in dieser Zone schadet. In den meisten Ozeanen gibt es viele bestehende oder potenzielle marine Aktivitäten, die gemanagt werden müssen, aber viele dieser Aktivitäten ergänzen sich und können in ein und demselben Gebiet stattfinden; wenn die Zonierung genutzt wird, um alle bestehenden Aktivitäten anzugehen (und die Meereszonierung ist sicherlich ein wichtiges Instrument dafür), dann ist es vorzuziehen, dass die Zonierung nach Zielen und nicht nach jeder einzelnen Aktivität erfolgt.

In einigen Teilen der Welt basiert die Zonierung ausschließlich auf der Zulassung oder dem Verbot bestimmter Aktivitäten in bestimmten Gebieten. Im GBR gibt es ein Spektrum von Zonen, die jeweils unterschiedliche Ziele verfolgen; diese Zonen erlauben eine Reihe von Aktivitäten, vorausgesetzt, dass jede Aktivität mit dem jeweiligen Zonenziel übereinstimmt. Die Bestimmungen des Zonierungsplans gelten für alle Nutzer des GBR. Der Zonierungsplan enthält für jede Zone zwei spezifische Listen von "Nutzungs- oder Zutrittsbestimmungen", die dazu beitragen, die Arten von Aktivitäten zu bestimmen, die in der jeweiligen Zone angemessen sind. 1. Die erste Liste gibt an, welche Tätigkeiten in der jeweiligen Zone erlaubt sind und keiner Genehmigung bedürfen; 2. die zweite Liste legt fest, welche Tätigkeiten in der jeweiligen Zone zulässig sind, jedoch erst nach Prüfung eines Antrags und Erteilung einer Genehmigung, wenn der Antrag alle erforderlichen Anforderungen erfüllt. In den Verordnungen sind das Bewertungsverfahren und die Kriterien für eine Genehmigung festgelegt; diese variieren je nach der geplanten Tätigkeit. In einigen Gebieten können auch Beschränkungen für die Art der Fanggeräte festgelegt werden, die ebenfalls ein unterschiedliches Schutzniveau bieten. Wenn eine Tätigkeit weder unter (1) noch unter (2) aufgeführt ist, ist sie in dieser Zone verboten.