Proses negosiasi terdiri dari tiga aspek utama:

• Pengorganisasian untuk kemitraan: hal ini dimulai dengan konsultasi dengan semua pemangku kepentingan tentang konsep pengelolaan bersama. Ketika mereka memahami dan melihat kebutuhan untuk menciptakan kemitraan pengelolaan bersama di antara para pelaku, mereka harus diorganisir agar siap untuk negosiasi kesepakatan. Aspek pengorganisasian sangat penting untuk mengubah individu-individu yang pasif dalam masyarakat menjadi kelompok yang terorganisir dengan visi yang sama dan untuk memastikan tingkat partisipasi yang tinggi.
• Negosiasi perjanjian pengelolaan bersama dan lembaga tata kelola bersama: Ini adalah praktik pembagian kekuasaan di antara para aktor. Melalui negosiasi, para aktor yang berbeda mengekspresikan keprihatinan mereka dan menyumbangkan ide-ide mereka tentang bagaimana sumber daya alam harus dikelola dan dilestarikan. Isu-isu tata kelola seperti siapa yang dapat mengambil keputusan dan tanggung jawab serta akuntabilitas apa yang dimiliki oleh masing-masing aktor juga dinegosiasikan.
• Belajar sambil melakukan: proses negosiasi bukanlah proses linier tetapi merupakan lingkaran spiral yang terdiri dari pelaksanaan kesepakatan, keberlanjutan fungsi lembaga tata kelola bersama, melanjutkan pemantauan dan peninjauan hasil dan dampaknya sepanjang waktu, serta memberikan masukan untuk pembaharuan kesepakatan.

Pembelajaran kelompok, umpan balik dari rekan sejawat, dan pertukaran antar rekan tertanam dalam desain program MAR-Leadership. Hal ini ditambah dengan peluang jaringan virtual yang sedang berlangsung untuk memungkinkan para fellow mengembangkan kelompok pendukung untuk proyek-proyek mereka saat ini dan hasrat mereka yang sedang berlangsung untuk konservasi Terumbu Karang Mesoamerika. Kepemimpinan MAR mencari jaringan Kepemimpinan MAR yang terkonsolidasi dan aktif di mana para rekan berkolaborasi di antara mereka sendiri dan dengan para ahli, komunitas, pemerintah, dan lembaga akademis, tanpa memandang batas. Menjalin hubungan lintas disiplin ilmu, organisasi, dan batas geografis merupakan inti dari misi MAR-Leadership.

Kapasitas para pemimpin konservasi lokal diperkuat sehingga mereka menjadi lebih efektif dalam merancang dan mengimplementasikan proyek-proyek konservasi mereka dengan cara yang akan melayani rekan-rekan program ini sepanjang hidup mereka.

Program Kepemimpinan MAR menawarkan pelatihan kelompok dan individu:

Selama lokakarya kelompok, para peserta dilatih dalam desain proyek dan kemampuan kepemimpinan mereka diasah. Kompetensi yang ditargetkan termasuk pengembangan strategi komunikasi yang efektif, berbicara di depan umum, negosiasi dan resolusi konflik, manajemen waktu dan kepemimpinan dalam manajemen tim.

Untuk pelatihan individu, peserta pelatihan memiliki akses ke anggaran kecil yang dapat digunakan untuk berpartisipasi dalam kursus atau program diploma teknis, kelas bahasa Inggris atau Spanyol intensif, kunjungan ke mentor, kunjungan ke proyek percontohan, magang di organisasi internasional yang berhubungan dengan topik yang terkait dengan proyek peserta, serta pembuatan studi pasar dan pembuatan data untuk mendukung kelayakan proyek peserta. Dana ini digunakan sesuai dengan rencana pelatihan yang dirancang dengan masukan dari staf program dan para ahli internasional.

Keberadaan kerangka kerja kebijakan yang kuat memfasilitasi desain dan implementasi inisiatif karbon biru lokal dan nasional. Kebijakan-kebijakan ini mendorong dukungan resmi dari pemerintah dan menjadi dasar bagi peran kelembagaan, serta menawarkan hubungan dengan kebijakan, mekanisme, dan strategi nasional dan internasional lainnya (seperti NDC, REDD+, dan NAMA). Proses penyusunan kebijakan dimulai dengan konsultasi informal dengan otoritas nasional untuk memetakan para pelaku, mengukur minat mereka dan mendapatkan dukungan mereka. Karena ini adalah konstruksi berskala nasional, saran strategis dan fasilitasi proses ini menjadi penting.

Pada tahun 2015, perikanan kakap Bejuco menjalani penilaian penuh oleh Marine Stewardship Council (MSC). Namun, proses sertifikasi dihentikan pada tahun 2016 karena adanya kekurangan tata kelola nasional yang serius. Karena sulitnya bagi banyak perikanan skala kecil untuk memenuhi persyaratan-persyaratan MSC yang ketat, Fair Trade USA telah mengembangkan satu Program Perikanan Tangkap yang menggabungkan standar-standar lingkungan MSC dengan persyaratan-persyaratan sosial yang kuat. Proses sertifikasi dilakukan secara bertahap dan memungkinkan sektor perikanan untuk mengembangkan perangkat yang diperlukan untuk memenuhi persyaratan-persyaratan standar selama 6 tahun dan bukan sekaligus pada saat penilaian seperti yang disyaratkan MSC. Proses Perdagangan yang Adil lebih baik dalam menangani realitas sosial dan pengelolaan di mana sebagian besar perikanan skala kecil beroperasi. Oleh karena itu, para nelayan dan para pemangku kepentingan dalam rantai nilai telah memulai satu pra-evaluasi awal Perdagangan yang Adil untuk perikanan. Blok bangunan sertifikasi solusi ini telah mengalami banyak perubahan selama bertahun-tahun, namun para anggota proyek merasa bahwa mereka telah membuat kemajuan menuju perbaikan sosio-ekonomi jangka panjang yang layak dan berkelanjutan, yang sejak awal proses MSC telah menjadi kekuatan pendorong di balik prakarsa sertifikasi.

Untuk mengembangkan dan mengelola perikanan yang berkelanjutan secara lingkungan, sejumlah indikator kinerja perlu ditetapkan untuk spesies target, spesies tangkapan sampingan yang umum, faktor lingkungan, dan rezim pengelolaan. Contoh-contohnya untuk perikanan kakap rawai artisanal Bejuco meliputi status stok, tingkat tangkapan sampingan dan pembuangan, tingkat tangkapan spesies yang terancam punah dan / atau dilindungi, dampak alat tangkap terhadap dasar laut dan organisme bentik yang terkait, rencana pengelolaan lokal, dan kapasitas pengelolaan perikanan nasional. Sejak 2007, komposisi tangkapan perikanan rawai dasar Bejuco terus dipantau oleh pengamat di sisi dermaga dan peneliti yang menemani nelayan dalam perjalanan malam mereka. Informasi ini, bersama dengan pengumpulan pengetahuan ekologi nelayan, telah memungkinkan para peneliti untuk mengidentifikasi banyak dari indikator-indikator ini. Bekerja sama dengan pemerintah pusat, inisiatif pengembangan kawasan lindung dan rencana pengelolaan juga mulai terbentuk.

Penilaian pedesaan secara partisipatif membantu menggambarkan situasi sosial ekonomi dan lingkungan serta masalah-masalah utama. Penilaian geografis dan penggunaan sistem informasi geografis membantu mengidentifikasi area proyek dan zona risiko yang paling terpengaruh oleh dampak perubahan iklim seperti kenaikan permukaan air laut dan salinitas.