Der Verhandlungsprozess besteht aus drei Hauptaspekten:

• Organisation der Partnerschaft: Dies beginnt mit der Konsultation aller Beteiligten über das Ko-Management-Konzept. Wenn sie die Notwendigkeit einer Ko-Management-Partnerschaft zwischen den Akteuren verstehen und erkennen, sollten sie organisiert werden, um für die Aushandlung der Vereinbarung bereit zu sein. Der Aspekt der Organisation ist wichtig, um aus passiven Einzelpersonen in der Gemeinschaft eine organisierte Gruppe mit einer gemeinsamen Vision zu machen und ein hohes Maß an Beteiligung zu gewährleisten.
• Aushandlung der Vereinbarung über das gemeinsame Management und die Einrichtung einer gemeinsamen Verwaltung: Dies ist die Praxis der Machtteilung zwischen den Akteuren. In den Verhandlungen bringen die verschiedenen Akteure ihre Bedenken und Ideen zur Bewirtschaftung und Erhaltung der natürlichen Ressourcen zum Ausdruck. Es wird auch über Governance-Fragen verhandelt, z. B. darüber, wer Entscheidungen treffen kann und welche Verantwortlichkeiten und Rechenschaftspflichten die einzelnen Akteure haben.
• Learning by doing: Der Verhandlungsprozess ist kein linearer Prozess, sondern ein spiralförmiger Kreislauf aus der Umsetzung der Vereinbarung, der Aufrechterhaltung des Funktionierens der gemeinsamen Governance-Institution, der fortlaufenden Überwachung und Überprüfung ihrer Ergebnisse und Auswirkungen im Laufe der Zeit und der Bereitstellung von Beiträgen zur Erneuerung der Vereinbarung.

Lernen in der Gruppe, Feedback von Gleichgesinnten und der Austausch unter Gleichgesinnten sind Teil des MAR-Leadership-Programms, gekoppelt mit kontinuierlichen virtuellen Vernetzungsmöglichkeiten, die es den Stipendiaten ermöglichen, eine Unterstützergruppe für ihre aktuellen Projekte und ihre anhaltende Leidenschaft für die Erhaltung des Mesoamerikanischen Riffs zu entwickeln. MAR Leadership strebt ein konsolidiertes, aktives MAR Leadership-Netzwerk an, in dem die Stipendiaten untereinander und mit Experten, Gemeinden, Regierungen und akademischen Einrichtungen zusammenarbeiten, unabhängig von den Grenzen. Das Knüpfen von Verbindungen über Disziplinen, Organisationen und geografische Grenzen hinweg steht im Mittelpunkt der MAR-Leadership-Mission.

Die Kapazitäten lokaler Naturschutzführer werden gestärkt, so dass sie bei der Planung und Durchführung ihrer Naturschutzprojekte effektiver werden, so dass sie den Teilnehmern dieses Programms ein Leben lang dienen werden.

Das MAR Leadership Program bietet Gruppen- und Einzelschulungen an:

In Gruppenworkshops werden die Stipendiaten in der Projektgestaltung geschult und ihre Führungsfähigkeiten verfeinert. Zu den angestrebten Kompetenzen gehören die Entwicklung effektiver Kommunikationsstrategien, das Sprechen in der Öffentlichkeit, Verhandlungsführung und Konfliktlösung, Zeitmanagement und Führung im Team.

Für die individuelle Weiterbildung steht den Stipendiaten ein kleines Budget zur Verfügung, das für die Teilnahme an Kursen oder technischen Diplomstudiengängen, für Intensivkurse in Englisch oder Spanisch, für Besuche bei Mentoren, für Besuche von Pilotprojekten, für Praktika in internationalen Organisationen, die sich mit Themen befassen, die mit dem Projekt des Stipendiaten in Zusammenhang stehen, sowie für die Erstellung von Marktstudien und die Generierung von Daten zur Untermauerung der Durchführbarkeit des jeweiligen Stipendienprojekts verwendet werden kann. Diese Mittel werden nach einem Ausbildungsplan ausgegeben, der unter Mitwirkung von Mitarbeitern des Programms und internationalen Experten erstellt wird.

Das Vorhandensein solider politischer Rahmenbedingungen erleichtert die Gestaltung und Umsetzung lokaler und nationaler Blue-Carbon-Initiativen. Diese Politiken fördern die offizielle Unterstützung durch die Regierung und bilden die Grundlage für institutionelle Aufgaben und bieten Verbindungen zu anderen nationalen und internationalen Politiken, Mechanismen und Strategien (wie NDCs, REDD+ und NAMAs). Der Prozess der Politikgestaltung beginnt mit informellen Konsultationen mit nationalen Behörden, um die Akteure zu erfassen, ihr Interesse abzuschätzen und ihre Unterstützung zu erhalten. Da es sich hierbei um Konstrukte auf nationaler Ebene handelt, ist eine strategische Beratung und Erleichterung des Prozesses wichtig.

Im Jahr 2015 wurde die Bejuco-Schnapperfischerei vom Marine Stewardship Council (MSC) einer umfassenden Bewertung unterzogen. Der Zertifizierungsprozess wurde jedoch 2016 aufgrund schwerwiegender nationaler Governance-Mängel eingestellt. Da es für viele kleine Fischereien schwierig ist, die strengen Anforderungen des MSC zu erfüllen, hat Fair Trade USA ein Capture Fisheries Program entwickelt, das die Umweltstandards des MSC mit robusten sozialen Anforderungen kombiniert. Das Zertifizierungsverfahren ist schrittweise aufgebaut und ermöglicht es den Fischereien, die notwendigen Instrumente zu entwickeln, um die Anforderungen des Standards über einen Zeitraum von sechs Jahren zu erfüllen, anstatt alles auf einmal zum Zeitpunkt der Bewertung, wie es der MSC verlangt. Das Fair-Trade-Verfahren trägt den sozialen und betriebswirtschaftlichen Gegebenheiten, unter denen die meisten handwerklichen Fischereien arbeiten, besser Rechnung. Aus diesem Grund haben die Fischer und die Akteure der Wertschöpfungskette mit einer ersten Fair-Trade-Vorbewertung der Fischerei begonnen. Der Zertifizierungsbaustein dieser Lösung hat im Laufe der Jahre viele Veränderungen erfahren, aber die Projektmitglieder haben das Gefühl, dass sie auf dem Weg zu tragfähigen, langfristigen sozioökonomischen Verbesserungen vorankommen, die seit Beginn des MSC-Prozesses die treibende Kraft hinter der Zertifizierungsinitiative sind.

Um eine ökologisch nachhaltige Fischerei zu entwickeln und zu bewirtschaften, muss eine Reihe von Leistungsindikatoren für die Zielarten, häufige Beifangarten, Umweltfaktoren und Bewirtschaftungsregelungen festgelegt werden. Beispiele für diese Indikatoren für die handwerkliche Langleinenfischerei auf Bejuco sind der Zustand des Bestands, die Beifang- und Rückwurfraten, die Fangquoten gefährdeter und/oder geschützter Arten, die Auswirkungen des Fanggeräts auf den Meeresboden und die damit verbundenen benthischen Organismen, der lokale Bewirtschaftungsplan und die nationale Fischereimanagementkapazität. Seit 2007 wird die Fangzusammensetzung der Bejuco-Langleinenfischerei von Beobachtern und Forschern, die die Fischer bei ihren nächtlichen Ausfahrten begleiten, kontinuierlich überwacht. Dank dieser Informationen und der Erfassung des ökologischen Wissens der Fischer konnten die Forscher viele dieser Indikatoren ermitteln. In enger Zusammenarbeit mit der nationalen Regierung werden auch Initiativen zur Entwicklung von Schutzgebieten und Managementplänen entwickelt.

Partizipative Bewertungen des ländlichen Raums helfen dabei, sich ein Bild von der sozioökonomischen und ökologischen Situation sowie von den wichtigsten Anliegen zu machen. Geografische Bewertungen und der Einsatz von geografischen Informationssystemen helfen bei der Ermittlung des Projektgebiets und der Risikozonen, die am stärksten von den Auswirkungen des Klimawandels wie dem Anstieg des Meeresspiegels und der Versalzung betroffen sind.